分子建模与模拟导论7分子建模.PDF

分子建模与模拟导论 王延颋 2012 年11 月10 日 7. 分子建模 把整个原子作为一个质点在有限温度下进行计算机模拟的方法叫做全原子模拟 （All-atom simulation ）。相对于第一性计算，分子模拟可以减少计算自由度，加大可计算的 体系的空间和时间尺度，简化数据处理和分析，并且可以研究体系在有限温度下的行为。而 要进行分子模拟，就需要合适的经验势。建立适当的用于分子模拟的经验势的方法叫做分子 建模方法。 一般的分子建模方法是根据原子间相互作用的物理特性，预先设定一个有待定参数的 二体或多体的相互作用的经验势的函数形式，然后根据第一性计算的数据或 实验结果拟合经验势的参数。因为描述体系的自由度被大大减少，全原子模型不可能重建系 统的所有性质。拟合参数时，往往选择一组最关心的物理性质进行拟合，以求误差尽 量小，而放松对其它性质的要求。所以要根据待研究的物理问题适当选取全原子模型，使得 模型对于待研究问题而言相对准确。 7.1. Jennard-Jones （LJ）势 最广泛使用的描述原子之间范德华（van der Waals ）作用的经验势。最常见的是12-6 LJ 势： 12 6  V( r) 4  12  6   r r  (7.1)   12 6  ˆ F(r) V r 24 2  r    12 6  r  r r  惰性气体原子间的相互作用仅用LJ 就基本可以准确描述。化学和生物体系也用LJ 势来描述 原子间的范德华作用。 1 7.2. 金属体系力场 因为金属中的价电子可以自由运动，所以一般要用多体作用描述金属体系的力场。一种 通用的金属力场为 Embedded Atom Model (EAM) ，既可以描述单一金属，又可以描述合金。 其作用势的函数形式为   1 V F  r   r (7.2)        i   ij 2  ij  i j  i j r   其中 是两个原子间的距离， 是类型为 和 的原子之间的二体势， 是类型为 的 ij     i i 原子 产生的电子电量密度在原子 处的值， 是一个嵌入函数，代表把类型为 的原子 j F  嵌入电子云中需要的能