基于高通量测序的瑞香狼毒转录组数据分析.docVIP

基于高通量测序的瑞香狼毒转录组数据 分析 杨艳芳刘洪伟邱德有 中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家 重点实验室国家林业局林木培育重点实验室河北省 科学院生物研究所河北省主要农作物病害微生物控 制工程技术研究中心 摘要： 目的 获得瑞香狼毒Stellera chamaejasme转录组数据库代谢途径基因序列、SSR 以及转座子等信息。方法以瑞香狼毒根作为受试材料，采用二代测序方法中的 Illumina Hi Seq 2000进行转录组测序，并进行系统的牛物信息学分析。结果共 获得26 785 872个Clean reads片段，拼接得到47 053条Unigenes,平均长 度为419 nt。将拼装所得到的Unigene序列利用BLAST工具分别与Nr、 S\viss-Prot、KEGG、COG 和 GO 数据库进行比对，分别有 11 138 和 24 744 条 Unigene 在Nr和Swiss-Prot数据库中比对得到了注释信息，可归于36个G0分类，涉及 119个KEGG标准代谢通路，进一步分析发现15条话类牛物合成途径的关键酶基 因。利用MISA软件发现3 480 （SSR,数量最高的SSR类型为单碱基重复，为1 986条，出现频率为57. 07%,最少的是六碱基重复SSR,只有5条，出现频率仅 为0. 14%。利用Repeat Masker在线工具针对瑞香狼毒转录组序列进行转座子预 测分析，结果共发现有1 497条转座子，其中E值1X10-5的序列有827条，包 含22种类型转座子，数目最多的为LINE/L1类型（405条），占比为48.97%,占 比最少的为 DNA/Ginger DNA/h AT、DNA/PTF-TSL2EU 和 LINE/Jockey 以及 LTR/Lenti类型分别只有1条。结论对瑞香狼毒进行高通量测序，获得了大量 基因序列信息以及SSR和转座子信息，为今后分离克隆瑞香狼毒中佛波酯等有 效成分生物合成的关键酶基因以及开展相关分子机制研究提供了数据资源和理 论基础。 关键词： 瑞香狼毒；转录组;菇类;佛波酯;代谢通路; 作者简介：杨艳芳（1978—）,女，副研究员，研究方向为林木次生代谢°Tcl: （010）-ma订：echoyyf@caf. ac. cn 作者简介:邱德有，男，研究员，博士生导师，主要从事植物次生代谢研究。Tel: (010)-mail:qiudy@caf. ac. cn 收稿日期:2017-07-18 基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(CAFYBB2014QB001) Transcriptome characterization of Stellera chamaejasme with Illumina sequencing technology YANG Yan-fang LIU Hong-wei QIU De-you Research Ins titute of Fores try, Chinese Academy of Forestry, State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Key Laborstory of Tree Breeding and Cultivation of State Forestry Administration; Biology Institute, Hebei Academy of Sciences, Hebei Engineering and Technology Center of Microbiological Control on Main Crop Disease; Abstract： platform (Illumina Hi Seq 2000) , a root chamaejasme was obtained, and the sequencing the bio in format ic way. Resul ts With a total 47 053 unigenes were assembled. All these with Nr, Swiss-Prot, KEGG, COG, and GOObjective To obtain the transcriptomc database and gene sequence, SSR as well as transposon information of Stcllcra chamaejasme- Methods Using the high-throughput sequencing transcriptome dataset of S. res