生物信息学 资源1教材编辑.pptVIP

生物信息学 Bioinformatics;Questions: 1. 蛋白质二级结构有哪些？ 2. 真核生物的启动子有什么作用？ 3. TSS,外显子和内含子的概念。 4. 如何判断起始密码子和终止密码子？内含子？ 5. 基因表达调节有哪些？;请画出示意图:;核酸;编号;第三章 生物信息学数据库资源;提纲:;提纲:;human;模式生物基因组计划;viruses;模式生物(Model Organism);Escherichia coli大肠杆菌;Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母;秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。;Drosophila melanogaster果蝇;Arabidopsis thaliana拟南芥;Oryza sativa水稻;模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);;;提纲:;主要的数据库资源;3大核酸数据库;ATTGACTA;DNA序列数据库最早于1982年在欧洲分子生物学实验室诞生，随即就开始了一个数据库爆炸的时代。 此后不久因一项美国国家健康研究中心与???斯阿拉莫斯国家实验室的合同而诞生了GenBank。 日本的DNA数据库（DDBJ），在几年后加入了数据收集的合作。;基因组数据库的发展历史;三大基因数据库;GenBank;/;美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行；;; 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务;;日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。;;/;GenBank/;;;;;提纲:; 蛋白质数据库;主要的数据库资源; 60年代“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)雏形产生 1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。 1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库JIPID和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心MIPS合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。; 除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。 该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。 ; PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。 蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。 ; SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； SWISS-PROT的网址： /sprot ;; PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / ;;蛋白质结构数据库;主要的数据库资源; PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDB的网址：/pdb(美国) ;;;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;提纲:;Questions: 下列数据库分