生物物理学-2015年第01讲+蛋白质结构基础.pptVIP

* 细胞核抗原的β-α-β结构 β-α-β * ?纤溶酶原的β-loop-β结构 * 结构域domain 多肽链在超二级结构的基础上进一步折叠成紧密的近乎于球状的结构，这种结构称为结构域domain * 结构域的特点 （1）结构域是球状蛋白质的独立折叠单位。对一些较小的球状蛋白质分子或亚基来说，结构域和三级结构是一个意思。 例如红氧还蛋白，核糖核酸酶、肌红蛋白等。 * （2）对于较大的球状蛋白质或亚基，其三级结构往往由两个或多个结构域缔合而成也即它们是多结构域的，例如免疫球蛋白的轻链含2个结构域。 * 结构域有时也指功能域。功能域可以是一个结构域，也可以是由两个结构域或两个以上结构域组成，从功能角度看许多多结构域的酶，其活性中心都位于结构域之间，因为通过结构域容易构建具有特定三维排布的活性中心。结构域之间常常只有一段柔性的肽链连接，形成所谓铰链区，使结构域容易发生相对运动，这是结构域的一大特点。结构域之间的这种柔性将有利于活性中心结合底物和施加应力。 * Tuberculosis (肺结核) RNA Polymerase active site Hinge region (铰链区) * Protein Tertiary Structure (蛋白的三级结构) * 三级结构指一个不可分的单元（分子）的完整的三维空间结构。对于蛋白质，此单元通常是共价连接的一个分子。 目前已经测出三级结构的生物大分子都储存在蛋白质数据库中（Protein data bank,PDB)，借助软件可查阅显示其空间结构，还可以在不同方向旋转以获得空间结构的细节。 * 嗜热菌蛋白酶与人碳酸酐酶的结构图 * 研究蛋白质三级结构的方法 X射线晶体衍射（X-ray crystallography) 多维核磁共振( multi-dimensional NMR) 三维电子显微镜技术（3-dimensiional EM) 扫描探针显微术( Scanning Probe Microscopy ,SPM) * Protein Quaternary Structure (蛋白的四级结构) * 独立的三级结构之间的非共价缔合称为四级结构。这些独立的三级结构称为亚基或亚单位。 * * 从PDB数据库中找出一种Tuberculosis (肺结 核) 核酸酶的晶体结构(PDB ID:3IOM)， 并判断其中有哪些二级结构，有几个结构 域，活性口袋与结构域的关系如何？ 交作业邮箱: psipsi99@ 课后作业 * * Protein Structures 第一节 蛋白质结构基础 * Secondary Structure (二级结构) Primary Structure (一级结构) Tertiary Structure (三级结构) supersecondary structure or motif （超二级结构) domain (结构域) Quaternary Structure (四级结构) Hierarchy of Protein Structure * * Primary Structure (一级结构) * Peptide bond Backbone Side chain * Peptide torsion angles (扭转角) phi (F), psi (Y), and omega (W) * Lennard-Jones potential The van der Waals Potential (范德华势能) * Ramachandran Plot (拉马钱德郎图 ) * Secondary Structure (二级结构) * Helices (螺旋结构) N C a-helix 310 helix p-helix 蛋白质中一般为右手螺旋结构 * 螺旋中的氢键(hydrogen bonding) * H-bond Atoms in H-bond loop radius 3.613 i, i+4 13 2.3 310 i, i+3 10 1.9 ? i, i+5 16 2.8 Parameters of secondary structure * α螺旋结构 * 310 helix 螺旋结构 Only 3.4% residues * H-bond: 1-5 π helix 螺旋结构 * The partial charges on the amide hydrogen and carbonyl oxygen are shown in units of the elementary charge contributing to an ov