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序列分析工具使用简介 1.数据库搜索工具---Blast (basic local alignment search tools) 2.多序列比对工具---Clustal 3.进化树重建与分析工具---Phylip 数据库搜索工具---Blast 1.Blast与NCBI 2.如何获得blast服务 3.Blast的各个程序介绍 4.一个简单的实例 Blast与NCBI 获得blast服务 Blast的各个程序介绍 实例 假设我们获得一个人类的蛋白序列，但我们不知道它具体是哪一种东西，我们可以通过blast搜索，看看它可能是什么东西。 phenylalanine hydroxylase MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK 实例 实例 实例 实例 实例 多序列比对工具－clustal Clustalx的工作界面（多序列比对模式） Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式） Clustal的工作原理 Clustal的应用 1.输入的文件格式。 FASTA ，NBRF/PIR, EMBL/Swiss Prot, GDE, CLUSTAL, GCG/ MSF. 2.两种工作模式。 a.多序列比对模式。 b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。 多序列比对实例 输入文件的格式(fasta)： KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… 1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN…… 第一步：输入序列文件。 第二步：设定比对的一些参数。 更为详细的教程 可以在这里得到更多关于clustal的帮助： http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html 进化树重建与分析工具－phylip phylip是最为通用的进化树分析软件。该软件是由华盛顿大学开发，是完全免费的，并提供源代码。 /phylip.html 该软件具有以下功能： 1. 将DNA或蛋白质序列数据转变成距离数据。 2.对距离数据进行分析。 3.对基因频率和连续的元素进行分析。 4.根据各种数据绘制采用一定的算法构建进化树。? 用于进化树重建的数据 1.特征数据(character data)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息。 2.是距离数据(distance data)或相似性数据(similarity data)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。 进化树重建的方法 一.距离法 二.最大简约法(maxparsimosy) 三.最大似然法(maxlikelihood) Phylip3.6软件包中包含的程序（根据分析的对象） 最新的3.6版本中，一共有35个分析程序。其中： 1. DNA和RNA数据分析工具。（10个） 2.蛋白序列数据分析工具。（6个） 3.限制酶位点数据的分析工具。（6个） 4.距离矩阵数据分析工具。（3个） 5.基因频率数据分析工具。（3个） 6.连续和离散的特征数据的分析工具。（12个） 7.进化树的显示和编辑工具。（4个） 详细请参考phylip主页的介绍：/phylip/programs.h