云环境下药物分子对接动态任务迁移的应用.pdfVIP

第３３卷第１期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３３Ｎｏ．１ ２０１６年１月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｊａｎ．２０１６ 云环境下药物分子对接动态任务迁移的应用 董悦丽，郭　权，孙　斌，李正夫 （大连东软信息学院，辽宁大连 １１６０２３） 摘　要：基于传统动态任务迁移方法，针对药物分子对接任务，提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策 略。通过分析各节点自身中断事件发生次数的数学期望和方差，得出即时可靠性评价参数，从而选取最可靠的 节点作为迁移目标。在源节点与可靠的目标节点之间实施增量数据预迁移，缩短了停机拷贝时间。最后的实例 表明任务迁移策略能够在云环境下选择可靠目标节点，药物分子对接安全性得到了提高。 关键词：云计算；任务迁移；分子对接；计算节点 中图分类号：ＴＰ３９９　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１６）０１０１５３０３ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１６．０１．０３５ Ｄｙｎａｍｉｃｔａｓｋｍｉｇｒａｔｉｏｎｏｆｍｏｌｅｃｕｌｅｄｏｃｋｉｎｇｉｎｃｌｏｕｄｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ＤｏｎｇＹｕｅｌｉ，ＧｕｏＱｕａｎ，ＳｕｎＢｉｎ，ＬｉＺｈｅｎｇｆｕ （ＤａｌｉａｎＮｅｕｓｏｆｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，ＤａｌｉａｎＬｉａｏｎｉｎｇ１１６０２３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｅｓｅｎｔｅｄａｎｏｐｔｉｍｉｚｉｎｇｓｔｒａｔｅｇｙｏｆｄｙｎａｍｉｃｔａｓｋｍｉｇｒａｔｉｏｎｂａｓｅｄｏｎｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｄｙｎａｍｉｃｔａｓｋｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇｉｎａｃｌｏｕｄｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ．Ｔｈｅｍｏｓｔｒｅｌｉａｂｌｅｎｏｄｅｗｏｕｌｄｂｅｃｈｏｓｅｎｔｈｒｏｕｇｈｔｈｅｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｏｆｖａｒｉａ ｔｉｏｎｏｆｒｅｌｉａｂｉｌｉｔｙ，ｗｈｉｃｈｏｂｔａｉｎｅｄｂｙａｎａｌｙｚｉｎｇｔｈｅｍｅａｎａｎｄｖａｒｉａｎｃｅｏｆｔｈｅｎｕｍｂｅｒｏｆｔｈｅｎｏｄｅ’ｓｏｗｎｓｅｑｕｅｎｔｉａｌｊｏｂｓ．Ｉｔｃａｒ ｒｉｅｄｏｕｔａｎｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌｄａｔａｍｉｇｒａｔｉｏｎｆｒｏｍｔｈｅｓｏｕｒｃｅｎｏｄｅｔｏａｈｉｇｈｒｅｌｉａｂｌｅｔａｒｇｅｔｎｏｄｅ，ａｎｄｓｈｏｒｔｅｎｅｄｔｈｅｔｉｍｅｏｆｄｏｗｎｔｉｍｅ ｃｏｐｙ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｅｘａｍｐｌｅｓｈｏｗｔｈａｔｔｈｅｒｅｌｉａｂｌｅｔａｒｇｅｔｎｏｄｅｃａｎｂｅｃｈｏｓｅｎｂｙｔｈｅｓｔｒａｔｅｇｙｏｆｄｙｎａｍｉｃｔａｓｋｍｉｇｒａｔｉｏｎａｎｄｉｍ ｐｒｏｖｅｔｈｅｓｅｃｕｒｉｔｙｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｃｌｏｕｄｃｏｍｐｕｔｉｎｇ；ｔａｓｋｍｉｇｒａｔｉｏｎ；ｍｏｌｅｃｕｌｅｄｏｃｋｉｎｇ；ｃｏｍｐｕｔｉｎｇｎｏｄｅｓ 题，提出了对目标节点进行选取的策略和分子对接任务增量式 　引言 迁移方法，通过分析各节点中断事件发生次数的数学期望和方 传统意义上的药物设计要进行复杂的实验室化学反应等 差，计算节点的可靠性因子，并在节点可靠性降低至临界值后 实施动态增量式迁移过程。在保证计算效率的前提下，进一步 环节，既费财费力，又要花费大量的时间。计算机辅助药物分 ［１］ 提高了分子对接计算过程的安全性。 子设计 可以对分子对接对象集进行聚焦，缩短了成药的时 间。常用的计算机辅助药物设