聚甲基丙烯酸甲酯分子结构的计算机模拟.doc

分子模拟法是以原子水平的分子模型来模拟分子的结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理化学性质.分子模拟法也称微观模拟法,包括量子力学法,Monte Carlo法,分子力学法等...聚甲基丙烯酸甲酯分子结构的计算机模拟 一、实验目的 1.了解用计算机软件模拟高聚物大分子的分子模拟法； 2.了解Materail Studio软件各模块的功能； 3.学会使用Materail Studio构建聚甲基丙烯酸甲酯分子模型； 4.掌握测量键长、键角的方法； 5.会使用Properties Explorer（属性管理器）查看和更改高聚物的属性。 二、实验原理 分子模拟法是以原子水平的分子模型来模拟分子的结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理化学性质。分子模拟法也称微观模拟法，包括量子力学法、Monte Carlo法、分子力学法等，是目前材料科学中应用最广的研究方法。其模拟分子结构的原理是通过原子之间和分子的相互作用力场的基本计算，找到能量最低时的分子构型、分子体系的结构和动力学轨迹等。通过分子模拟法，不但可以模拟分子的静态结构，也可以模拟分子的动态行为和性质，如分子链的弯曲运动，分子间氢键的缔合作用与解缔行为，分子在表面的吸附行为以及分子的扩散等。 本实验使用Accelrys公司开发的分子模拟软件Materials Studio进行高聚物大分子的模拟，Materials Studio软件采用材料模拟中广泛应用的模拟方法，能够非常容易地创建分子、晶体模型，研究其性质，从而为新材料的开发、设计打下良好的基础。计算方法由Materials Studio软件本身完成，只要构建好分子结构，通过能量优化，即可获得稳定的分子结构和某些性能信息。 三、实验仪器 安装Windows98、2000、XP等多种操作 系统的计算机；Materials Studio（MS）软件。 四、实验步骤 (1) 启动Materials Studio软件： 从开始\(所有)程序\Accelrys MS Modeling 3.2\中找到MS Modeling，启动MS Modeling程序 (2) 打开“Welcome to Materials Studio”对话框，可以选择创建新 项目(Create a new project)，按OK。然后显示New Project对话框，选择文件位置，键入文件名“Polymer”，按OK，这样创建了一个称为Polymer的项目。或者打开已经存在的 项目(Open a existing project)。 （3）下面显示了Materials Studio的工作界面。 Materials Studio默认菜单有：File菜单，Edit菜单，View菜单，Modify菜单，Build菜单，Tools菜单，Modules菜单，Windows菜单，Help菜单。 （4）建立了Polymer项目后，需要在项目下建立需要的文档。对于建立分子结构、晶体结构的操作，需要建立3D原子文档(3D Atomistic Document)。方法是在polymer工程上右击，选择new\3D Atomistic Document。 如下图所示。 （5）构建全同立构聚甲基丙烯酸甲酯 从主菜单窗口选择[Build] 选项中的[ Build Polymers] 选项，再选择[ Homopolymer] 选项，打开Homopolymer（均聚物）对话框。在Polymerize（聚合）选项页，单击Library下拉菜单，选择acrylates（丙烯酸酯），在Repeat Unit（重复单元）下拉菜单中选择methyl_methacrylate（甲基丙烯酸酯），在Tacticity下拉菜单中选择Isotactic（全同），在Chain length （链长）文本框中输入20，如下图所示。 选择[Advanced]（高级）选项，设置Torsion（转矩）为60。单击[Build]按钮，关闭对话框。这样就创建了20个单元的全同立构聚甲基丙烯酸甲酯。单击[clean]按钮，对整个分子进行几何优化，还可再使用[Discover]模块中的[Minimize]（最小化）功能，进一步行优化。 利用测量工具条Measure/Change工具来查看修改距离、角度和扭矩等。 单击Measure/Change按钮旁的向下按钮，选择[Distance](距离)，鼠标在氧原子上移动，直到它以蓝色凸出显示，单击。同样方式单击和氧原子成键的那个C原子，建立一个距离监视器，以埃为单位显示键长。单击Rotation Mode（旋转模式） 按钮， 拖动 鼠标， 以不同角度查看所建模型。使用Properties Explorer（属性管理器）查看所创建模型的有关信息。 在模型中选定一个原子，属性管理器就会自动显示有关它