马铃薯(Solanum tuberosum L.)试管薯形成相关SNP标记的开发与QTL分析-农业推广专业毕业论文.docxVIP

华中农业大学2016届硕士研究生学位论文3．1．2．1 华中农业大学2016届硕士研究生学位论文 3．1．2．1 Trizol法抽提植物总RNA与混样 ．．18 3．1．2．2 RNA混样质量检测及建库测序 ．1 9 3．1．3 SNP位点分析及引物设计 20 3．1．3．1差异SNP位点筛选 ．20 3．1．3．2小片段法引物设计 ．．20 3．1．4利用高分辨率熔解曲线对SNP分型 ．20 3．1．4．1 CTAB法小提植物总DNA及模板配制 ．20 3．1．4．2 PCR扩增及HRM法对SNP分型 ．．21 3．2结果与分析 ．22 3．2．1转录组测序分析 22 3．2．2 SNP标记分型 27 第四章遗传连锁图谱和试管薯形成QTL分析 。30 4．1 SNP标记加密图谱 ．．30 4．2多个试管薯形成性状的单标记分析 ．3 1 4．2．1结薯率 3 1 4．2．2单薯重 。 ．．3 l 4．2．3初始结薯时间 32 4．2．4不同表型相关标记比较 32 4．3 QTL定位 37 4．3．1结薯率相关QTL的定位 ．37 4．3．2单薯重相关QTL的定位 ．40 4．3．3初始结薯时间相关QTL定位 ．40 4．4单标记分析结果与QTL定位结果分析讨论 41 4．4．1相关标记与QTL定位结果比较 ．41 4．4．2两亲本间染色体上QTL定位分析讨论 ．41 第五章讨论 。42 5．1表型鉴定结果与前人数据比较 ．42 5．2相关标记以及QTL定位结果与前人结果比较 42 5．3小结与展望 ．43 参考文献 。44 致谢 ． ．50 11 万方数据 马铃薯(Solanum 马铃薯(Solanum tuberosum L。)试管薯形成相关SNP标记的开发与QTL分析 摘要 马铃薯是仅次于水稻、小麦和玉米的世界第四大粮食作物。由于长期的无性繁 殖，易引起病毒在马铃薯块茎中积累，导致种性退化，直接影响到马铃薯的生产和 销售，而生产脱毒种薯是解决这一问题的主要途径。传统的脱毒种薯是利用脱毒试 管苗先在隔离网室诱导微型薯，进而在隔离田间生产商品用种薯，但生产成本高成 活率低，不足以满足目前的市场需求。马铃薯试管薯是组织培养条件下产生的微小 块茎，因其无病毒、易储存且存活率高等优点，受到广泛的关注和利用。目前有关 试管薯形成的报道主要集中于不同培养条件如光周期、温度、蔗糖等产生的影响， 试管薯形成的遗传机理尚不太明确。由于马铃薯栽培种同源四倍体的遗传复杂性， 研究者大多是选择降倍后的双单倍体马铃薯或近缘二倍体野生种作为研究对象，因 此四倍体马铃薯的遗传研究进展缓慢，针对四倍体马铃薯试管薯的报道更为少见。 本研究在前人的研究基础上，以其构建的四倍体马铃薯试管薯形成的遗传分离 群体MT I为研究对象，对群体中各个基因型的试管薯形成相关的多种性状进一步 鉴定与分析。并基于试管薯表型鉴定的结果，利用以BSA技术为基础的RNA．seq测 序分析，比较结薯率差异显著的基因型组合间的转录组序列差异，从而开发与试管 薯形成能力相关联的新标记。在原遗传连锁图谱和QTL定位结果的基础上，加入新 开发的分子标记进一步QTL定位，期望缩小原有QTL区域，同时对其他与结薯相 关的性状进行QTL分析，探索马铃薯试管薯形成的遗传基础。主要研究结果如下： 1．马铃薯MTI群体(209个基因型)在长短日照(16 h和8 h光照)下试管薯 形成相关的表型鉴定结果显示，试管薯初始形成一般在接种30 d之后，短日照条件 下试管薯的初始形成时间普遍早于长日照条件，且平均结薯率与单薯重也优于长日 照条件。短日照下形成试管薯与不形成的子代数分别为201和8，而长目照条件下 形成试管薯与不形成的子代数分别为109和100，比例接近1：1，且这109个子代 在短日照下也同样结薯。 2．本研究利用基于BSA的RNA．seq测序分析，以群体试管薯的结薯率为目标 性状，构建了2次极端池，通过对极端池中结薯率显著差异的组合之间的转录组测 序数据比较分析，筛选出差异显著的SNP位点。选取了V号染色体上试管薯形成相 关QTL MT05锚定区段问的47个显著差异SNP位点，并利用高分辨率熔解曲线对 群体分型，最终筛选出了13个在群体中具有多态性的SNP标记在前人构建的遗传 万方数据 华中农业大学2016届硕士研究生学位论文连锁图谱中进行定位。其中7个SNP标记定位到了双亲的V号染色体上，分别为父 华中农业大学2016届硕士研究生学位论文 连锁图谱中进行定位。其中7个SNP标记定位到了双亲的V号染色体上，分别为父 本5个及母本3个(包括1个被同时定位于双亲图谱的double．simplx标记)。 3．对MT I群体试管薯形成相关表型与分子标记进行相关分析，显示在长短两 种光周期下，与