枯草芽孢杆菌基因组最小化代谢网络模型的构建-制药工程专业毕业论文.docxVIP

目 录 第一章 文献综述 1 1. 合成生物学 1 1.1 合成生物学的概念2 1.2 合成生物学研究思路3 1.3 合成生物学研究内容4 1.3.1 生物模块的设计与构建及生物元件标准化 4 1.3.2 最小基因组的研究 7 1.3.3 病毒的合成生物学 9 1.4 合成生物学的应用9 1.4.1 生物能源 9 1.4.2 药物研发 10 1.4.3 净化环境11 2 基因组尺度代谢网络 12 2.1 基因组尺度代谢网络发展12 2.2 基因组尺度代谢网络的构建原理13 2.3 基因组尺度代谢网络模型的模拟算法原理及工具14 3 枯草芽孢杆菌基因组最小化研究进展 16 第二章 代谢网络模型基因组最小化的方法18 2.1 分析方法18 2.1.1 通量平衡分析方法 18 2.1.2 通量可变性分析 18 2.1.3 组合删除法 19 2.2 实验步骤20 2.2.1 通量可变性分析 20 2.2.2 同功能基因删除 20 2.2.3 基因集分类 23 2.2.4 保留基因集的基因组最小化 23 2.2.5 候选基因集的基因组最小化 23 第三章 枯草芽孢杆菌基因组最小化代谢网络模型的构建 24 3.1 模型读入25 3.2 基因组最小化代谢网络模型构建26 3.2.1 通量可变性分析 28 3.2.2 同功能基因删除 29 3.2.3 基因集的确定 29 3.2.4 保留基因集的最小化 30 3.2.5 候选基因集的最小化 31 3.2.6 基因组最小化代谢网络模型的验证 34 第四章基因组最小化代谢网络模型分析35 4.1 碳源吸收速率对系统的影响35 4.2 代谢网络分析参数36 4.2.1 网络密度 37 4.2.2 网络直径与网络平均路径长度 37 4.2.3 连接体 37 4.2.4 集聚系数 37 4.2.5 蝴蝶结结构 38 4.2.6 可逆性参数 39 4.3 代谢网络分析39 4.3.1 最小基因组代谢网络途径分析 40 4.3.2 最小基因组代谢网络拓扑结构分析 46 第五章 模型预测与湿实验结果比较49 第六章 结论与展望51 6.1 结论 51 6.2 展望 52 参考文献53 附录61 发表论文和参加科研情况说明69 致 谢70 第一章 第一章 文献综述 PAGE PAGE 10 第一章 文献综述 1. 合成生物学 在后基因组时代，什么才是生物学发展的方向？随着高通量技术的发展，大 量生物学的数据累积，如何高效利用这些数据，使其能够转化为指导现实生活中 的有用数据，一门学科应运而生合成生物学 [1]。合成生物学作为一门崛起的交 叉学科，再次进入科学家的视野，同时作为一个新的、创造性的课题引起了研究 者们的兴趣。2003 年，JCVI 由合成的寡核苷酸，通过整个基因组组装，得到一 个合成ΦX174 噬菌体基因组[ 2]。此项技术的成功，大大的推进了研究者构建一 个最小基因组的细胞的研究进展。2010 年，克雷格文特尔等人 [3]用人工合成的基 因组代替山羊支原体的原基因组，结果细胞能够正常生长，最终完全替换了山羊 支原体原有的蛋白质体系，这被认为是世界上首个人造生命的壮举。 全世界的目光都对准了合成生物学，其关注程度可由表 1-1 可见。 表 1-1 合成生物学发展关注表 Table 1-1 Synthetic biology development concerns 时间 事件 2000 Nature 杂志报道了人工合成基因线路研究成果以来，合成生物学研究在全 世界范围引起了广泛的关注与重视 2004 美国麻省理工学院(MIT)在出版的《技术评论》中把合成生物学列为将改变 世界的十大技术之一 2005 Nature 杂志 11 月 24 日就以封面专栏的形式介绍了快速发展的合成生物学 领域 Science 杂志则把合成生物学列为最重要的“年度突破”之一 2009 英国皇家工程学院在一份报告中指出“合成生物学有望创造出新的重大 产业，其发展很有可能对英国、欧洲乃至世界经济的未来产生深远的影响” 11 月，美国国家科学院出版了研究报告《合成生物学：对国家建设的启示》 12 月，《自然·生物技术》出版了“Focus on Synthetic Biology”的合成生 物学专辑 2010 《自然》杂志在纪念该刊发表基因线路等合成生物学论文 10 周年之际，考 虑到合成生物学与系统生物学密不可分，将相关重要论文编为