两大经济红藻（紫菜和江蓠）DNA条形码的筛选及其初步应用研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

汕头大学硕士毕业论文李军 汕头大学硕士毕业论文 李军：两大经济红藻（紫菜和江蓠）DNA 条形码的筛选及其初步应用研究 万方数据 万方数据 摘要 我国是紫菜和江蓠养殖大国，同时这两种经济海藻的养殖理论研究也居世 界前列。紫菜和江蓠两种海藻产业的进一步发展需要发掘更多的种质资源，特别 是我们没有认识或者已经认识但是尚未进一步研究和利用的海藻资源。这项工作 的基础是准确的对这些资源分类鉴定。紫菜和江蓠的形态在种内和种间有高度的 可塑性，藻体形态特征易受环境因素的影响，发生不同程度地改变；其次一些亲 缘关系较近的物种，往往形态特征差异微弱不易鉴定或容易出错。因此，仅仅凭 借形态学特征进行物种分类鉴定，即便是受过专门训练的藻类学家在工作时也会 遇到各种分类问题，甚至产生争议。 本论文对紫菜和江蓠的 DNA 条形码进行了相关的研究，用于解决传统分 类的难题。研究从两个方面入手，内容包括：（1）采集紫菜和江蓠样品，对这些 样品的 COI，COX2-3，rbcL 和 UPA 序列进行扩增，从中筛选合适的分子标记分 别作为紫菜与江蓠的标准 DNA 条形码。（2）利用 DNA 条形码技术对采集的江 蓠属和紫菜属海藻进行分子系统学分析，并对传统分类存在的错误进行了初步的 纠正。 （1）在江蓠属海藻的研究中，共得到龙须菜、脆江蓠、长喙江蓠、细基江 蓠繁枝变种、芋根江蓠和异枝江蓠总 6 个物种 COI 序列长度为 664bp；rbcL 全 长序列长度为 1441 bp；UPA 序列长度为 410bp；另外获得龙须菜、脆江蓠、长 喙江蓠、细基江蓠繁枝变种 4 个物种的 COX2-3 序列，序列长度为 339bp。其中 COI、rbcL 和 UPA 基因的扩增效率和测序效率显著大于 COX2-3 基因。经过 K-2P 遗传距离计算，COI 序列的种内变异度为 0-0.02，种间变异度为 0.04-0.20； COX2-3 序列种内变异度为 0-0.06，种间变异度为 0.08-0.32；rbcL 序列种内变异 度为 0-0.015，种间变异度为 0.02-0.18；UPA 的种内变异度为 0-0.01，种间变异 度为 0.02-0.11。表明四种分子标记中，rbcL 和 UPA 基因序列最为保守；COX2-3 是变异度较大的基因序列；COI 基因序列变异度比较适中，种间遗传距离明显大 于种内遗传距离。利用 COI 序列和 UPA 序列作为 DNA 条形码有力的辅助了江 蓠属的分类鉴定，通过序列比对和构建的 MP、ML 和贝叶斯系统发育树，发现 I 细基江 蓠、 长喙江 蓠 和细基 江蓠 繁枝变 种 为同一 物种 ，并尝 试 重新命 名为 G.tenuistipitata (Chang et Xia) Ding et Li comb. nov. 另外，基于四种分子鉴定结 果，以及脆江蓠（G.chouae）和 G.parvispora 形态的相似性，初步判定它们为同 一物种的不同地理类群。根据 UPA 和 COI 基因构建的系统发生树发现龙须菜 属物种都位于系统树的基部，明显区分与江蓠属，独立聚为一支，支持龙须菜属 独立于江蓠属的系统分类观点；而 Hydropuntia 属的物种聚在江蓠属内部，并未 单独聚到同一分支内，因此 Hydropuntia 属可视为江蓠属的以下的分类阶元。另 外，在利用 Genbank 中细基江蓠的 UPA 基因序列时，经验证发现 KC478354 这 条序列是错误的。因此，在使用 Genbank 中的基因序列时需要尽可能将同一物 种相关基因序列全部下载，进行比对分析，从中选取正确的序列用于实验研究。 （2）测序序列经过拼接，最终分别得到坛紫菜、条斑紫菜、圆紫菜、 Porphyra purpurea、Porphyra sp.1 和 Porphyra sp.2 共 6 个物种 COI 序列长度为 664bp；长紫菜、绉紫菜、坛紫菜、条斑紫菜、半叶紫菜、圆紫菜、Porphyra purpurea、 Porphyra sp.1、Porphyra sp.2 和 Porphyra sp.3 共 10 个物种 rbcL 和 UPA 全长序 列，长度分别为 1365 bp 和 410bp；另外，只获得坛紫菜、圆紫菜、Porphyra purpurea、Porphyra sp.1 和 Porphyra sp.2 共 5 个物种的 COX2-3 序列，序列长度 为 339bp。rbcL 扩增效率和测序效率最好。经过 K-2P 遗传距离计算，COI 序列 的种内变异度为 0-0.003，种间变异度为 0.04-0.24；rbcL 序列的种内变异度为 0-0.02，种间变异度为 0.04-0.10；UPA 的种内变异度为 0-0.015，种间变异