兰州大学生物信息学分子进化与系统发育分析-公开课件.pptVIP

结构进化树： 研究发现蛋白质结构比序列保守性更强。 这表明结构比较可以比序列比较获得更多更精确的结构信息 与蛋白质一级序列比较法相比，蛋白质分子的结构比较具有更高的优越性。 构建结构进化树的方法 刚体结构叠合比较 多特征的结构比较 刚体结构叠合比较 用比较后确定的拓扑等价位点的个数或等价位点Ca原子距离的均方根值作为不同结构间差异性的量度。 适用于同源蛋白质结构预测的骨架结构的选择，基于序列的进化树便于描述类似性较大的蛋白质的进化关系。 多特征结构比较 用蛋白质结构的多项特征如残基的物理特性、残基的空间倾向性、主侧链方向、主链的二面角、二级结构类型和主侧链的可接近性等综合指标作为结构的差异性量度，因此有时也称此结构进化树为“类结构”进化树。 适用于分析分歧较大的蛋白质结构。 对所分析的多序列目标进行排列 （软件：CLUSTALX、CLUSTALW） 构建一个进化树 （算法：独立元素法、距离依靠法） 对进化树进行评估 （采用Bootstraping法） 进化树的构建方法 软 件 PHYLIP PUZZLE PHYLO-WIN PHYLIP软件(/phylip.html) ： 免费、功能极其强大，是目前使用最广泛的系统发育程序。（运行平台：Mac，DOS，Unix，VAX/VMS，及其它） Clustal软件：简洁实用的免费软件 DNAMAN软件: 方便,实用,综合的软件 PHYLO-WIN软件： 界面友好，极易操作。（运行平台：LINUX ） 6.5 应用示例1 CLUSTAL-X和PHYLIP软件相结合建进化树 软件下载网站：/phylip/getme.html 根据DNA序列构建进化树 ClustalW2 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ 点击: Guide tree 用treeview 打开生成的文件即可. 根据蛋白质序列构建进化树 ClustalW2 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ Clustal Omega http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 软件：Treeview, BioEdit TREEVIEW Treeview是一个从网上免费下载的读进化树免费软件，这个软件可以根据PHYLIP得到的树输出文件，做出无根树，有根树，还能在树中显示进化距离。 应用示例2-- DNAMAN DNAman是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。 DNAman 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。 5.5 应用示例 本节内容 下一页 上一页 Thank You 分子系统发育分析是生物信息学中一种基本方法，主要用于研究生物体在分子水平的进化方式、方向、速率以及各种分子机制对基因和基因组的结构和功能的影响。 第六章 分子系统发育分析 6.1 分子进化概论 6.2 分子进化学说与遗传模型 6.3 分子系统树构建 6.4 应用示例 6.1.1 分子进化的基本概念 分子进化 系统树 同源性与同源性状 6.1.2 生物大分子进化的特点 生物大分子进化速率相对恒定 生物大分子进化的保守性 6.1 分子进化概论 分子进化 通过分子系统发育分析，从相应的核酸和蛋白质组成成分的差异上就可推测不同物种间的亲缘关系。彼此核苷酸或氨基酸愈相似，其亲缘关系就愈接近。根据各种生物间在分子水平上的进化关系，可建立分子进化的系统树(phylogenetic tree)。 6.1.1 分子进化的基本概念 分子系统发育分析具有以下优点： 1. 分子进化过程中发生的变异可以被量化，因此根据生物所具有的核酸和蛋白质在结构上的差异程度，比其他方法更精确地估测生物物种的进化时期和速度； 2. 是研究生物进化的有效方法； 3. 可以比较亲缘关系疏远的类型之间的进化信息，而这是其他方法难以做到的。 系统树 构建亲缘树 或进化树 形态水平 分子水平 生物形态学分类 古生物化石证据 分子生物学研究 有根树和无根树 系统树分有根树和无根树，其中有根树反映了树上物种或基因进化的时间顺序。大多数系统学方法推断的系统树是无根树。所谓无根，是指树系中代表时间上最早的部位（最早的共同祖先）不能确定，只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是祖先问题。 标度树枝和非标度树枝