第十五章 生物化学与新生物技术.pptVIP

第十五章??生物化学与新生物技术 ;基因组genome;几个代表物种的基因组大小;;基因组学genomics;基因组学研究的最终目标;人类基因组计划的科学意义在于： （1）确定人类基因组中约5万个编码基因的序列及其在基因组中的物理位置，研究基因的产物及其功能。（2）了解转录和剪接调控元件的结构与位置，从整个基因组结构的宏观水平上理解基因转录与转录后调节。（3）从整体上了解染色体结构，包括各种重复序列以及非转录“框架序列”的大小和组织，了解各种不同序列在形成染色体结构、DNA复制、基因转录及表达调控中的影响与作用。（4）研究空间结构对基因调节的作用。有些基因的表达调控序列与被调节基因从直线距离上看，似乎相距甚远，但若从整个染色体的空间结构上看则恰恰处于最佳的调节位置，因此，有必要从三维空间的角度来研究真核基因的表达调控规律。;（5）发现与DNA复制、重组等有关的序列。DNA的忠实复制保障了遗传的稳定性，正常的重组提供了变异与进化的分子基础。局部DNA的推迟复制、异常重组等现象则导致疾病或者胚胎不能正常发育，因此，了解与人类DNA正常复制和重组有关的序列及其变化，将对研究人类基因组的遗传与进化提供重要的结构上的依据。 （6）研究DNA突变、重排和染色体断裂等，了解疾病的分子机制，包括遗传性疾病、易感性疾病、放射性疾病甚至感染性疾病引发的分子病理学改变及其进程，为这些疾病的诊断、预防和治疗提供理论依据。（7）确定人类基因组中转座子、逆转座子和病毒残余序列，研究其周围序列的性质。了解有关病毒基因组侵染人类基因组后的影响，可能指导人类有效地利用病毒载体进行基因治疗。（8）研究染色体和个体之间的多态性。这些知识可被广泛用于基因诊断、个体识别、亲子鉴定、组织配型、发育进化等许多医疗、司法和人类学的研究。此外，这些遗传信息还有助于研究人类历史进程、人类在地球上的分布与迁移以及人类与其他物种之间的比较。;History of the Human Genome Project;;人类基因组计划HGP;所有的标记都必须具有多态性 由于不能对人类进行“选择性”婚配，而且人类子代个体数量有限、世代寿命较长，呈共显多态性的蛋白质数量不多，等位基因的数量不多。 形态标记 细胞学标记 生化标记 DNA分子标记;;物理图;策略;克隆重叠群法;鸟枪法;? 全基因组鸟枪法测序主要步骤： 建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。 高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序 序列集合。 填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。;测序技术;高通量DNA序列分析技术 ;;Illumina / Solexa Genome Analyzer 2000 Mb / run;;功能基因组学;转录组指一个细胞内的一套RNA转录物，包含了某一环境条件、某一生命阶段、某一生理或病理（功能）状态下，生命体的细胞或组织所表达的基因种类和水平。 mRNA 小RNA：miRNA、siRNA 蛋白质组指一个细胞内的全套蛋白质，即研究某一特定状态的细胞全套蛋白质表达谱。此研究领域常用技术有蛋白质双向电泳、飞行质谱、蛋白质芯片技术等。 与基因组不同的是，转录组、蛋白质组的定义中包含了时间和空间的限定。 ;转录组学基本研究方法;生物芯片;DNA芯片;芯片载体;基因芯片的探针;Spotted Microarrays cDNA Arrays Oligo Arrays ;点样芯片;原位合成;array probes;array probes;A 3×3 array;;样本的处理方法;芯片实验流程;;图像扫描;差异基因筛选;基因芯片的应用;RNA-Seq;定量化 可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题 灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本 可以对任意物种进行全基因组分析，无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，同时能够检测未知基因，发现新的转录本;蛋白质组学;蛋白质组学研究范畴;研究策略与技术;双向电泳（2D）;是等电聚焦电泳和SDS的组合 即先进行等电聚焦电泳（按照pI分离） 然后再进行SDS（按照分子大小） 凝胶经染色得到二维分布的蛋白质图 ;第一向IPG-IEF电泳;第二向垂直SDS电泳;2-DE 凝胶蛋白质斑点的检测;2-DE 凝胶蛋白质斑点的分析;2-DE 凝胶蛋白质斑点的检测;蛋白质芯片;蛋白质芯片探针;应用