利用SeqAs进行拟南芥和水稻部分功能基因的比较分析-作物遗传育种专业论文.docxVIP

F626916张峰：利用SeqAs进行拟南芥和水稻部分功墼垦塑些墼坌堑 F626916 张峰：利用SeqAs进行拟南芥和水稻部分功墼垦塑些墼坌堑 利用SeqAs进行拟南芥和水稻部分功能基因的 比较分析 研究生：张蜂 导师：顾世粱教授 (扬州大学农学院，江苏扬州，225009) 摘 要 比较基因组学是后基因组时代基因组研究的一项重要内容。面对比较基因组 学中庞大而复杂的基因组数据，建立一个合适的基因组分析工具不仅能起到有效 的辅助作用，而且可以相当显著地提高工作效率。本研究根据需要，设计和开发 了“SeqAs”序列分析软件，软件主体部分共有20个模块，涉及序列编辑、氨基酸 翻译、在线Blast比对、序列数据库统计等。软件的分析辅助功能较为全面，与同 类软件相比．本软件最显著的特点就是能进行同源性比对分析时多个序列数据库 和比对结果数据集的浏览、查询和数据的统计分析。软件运行稳定、界面友好、 通用性较强。 本研究中利用多种植物的数据库，特别是拟南芥的基因组数据库和GeneBank 的核酸、Swiss-prot的蛋白质以及EST数据库，结合较可靠的基因预测软件FgeneSH 及自行设计开发的序列分析软件“SeqAs”，对拟南芥和粳稻基因组中与部分信号传 导、代谢、蛋白质合成、细胞生长和细胞分裂有关的5类基因作了同源性比较分 析，分析结果表明这5类239个拟南芥基因在粳稻基因组中仅有54个基因能找到 一定程度的同源性，同源率为22．6％，同源程度相对较低。在这5类基因中，同源 程度从高到低依次为“蛋白质合成”‘‘细胞生长’’“代谢’y‘细胞分裂’，“部分信号传 导”，它们的同源率分别为100％、80％、52．2％、44．4％和6．够‘。另外，在DNA 水平上具有很高同源性的(E值IE一30)序列有14条，较高的(IE-41E值IE．10) 有16条，较低的(E值IE．4)有16条；在氨基酸水平上，同源程度很高的16 条，较高的有2条，较低的有7条。对高度同源的序列进一步作了关于位置、功 能、EST拼接等分析。 关键词：生物信息攀；S蛐彝基因维；。地较基嚣缀攀基濑圜艨秽臻稻 扬州大学硕士学位论文 扬州大学硕士学位论文 旦 Homologous Analysis of Some Functional Genes between Arabidopsis and Rice By SeqAs Postgraduate：Feng zh蛐g Supervisor：Prof．Shiliang Gu (YangZhou University,YangZhou 225009) Abstract Comparative g enomics is all important content in post·genome era．F acing huge and complicated genome data in comparative genomics，developing a suitable genome analysis tool plays key role in raising working efficiency．We designed and developed the”SeqAs”for sequence analysis．It had 20 pieces of module，involving sequence editor,amino acid translating,online Blast alignment and statistics ofsequence datasets etc．The analytic function ofthe software was comparatively comprehensive．It was able to browse and search for multiple sequence alignment and put results of blast into analytic files．After many practical runs，it expressed stable and reliable in various situations．It WaS also easy to use with friend interface， The genome sequence data were obtained from many plant databases，especially Arabidopsis genome database，the protein database of Swiss-Prot and nucleic acid and protein databa