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高通量飞行时间质谱基因分型方法的研究 生物化学与生物物理进展Prog.Biochem.Biophys.?667? 高通量飞行时间质谱基因分型方法的研究术 赵辉,卜王威张清润高扬,赵洪斌?,z周琚?林伟?,z曾长青?) (中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京101300; 中国科学院研究生院,北京100040) 摘要为了考察飞行时间质谱基因分型方法(MALDI—TOF)的位点分型成功率和分型结果质量的关系,分析了96 个SNPs位点的近10000个基因分型数据(用MALDI—TOF’’4重”实验方法检测).结果显示,位点分型成功率和 分型结果的质量显着正相关.分型成功率低于82%的SNP位点,其高质量结果占的比例开始逐渐降低.提示82% 的分型成功率可以作为衡量分型结果质量的数据点.为了进一步提高通量并降低成本,在MALDI—TOF’’4重”实 验方法的基础上,发展了两种”准8重”实验方法.用新的实验方法检测了95个样本的32个SNPs位点.结果显 示”混合准8重”实验方法与”4重”实验方法相比无显着差异,而”复点准8重”的结果差于’’4重”分型 方法. 关键词单核苷酸多态性(SNP),飞行时间质谱,基因分型 学科分类号052 单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism,SNP)是基因组上广泛分布并能稳 定遗传的DNA序列多态性.大多数SNP位点只有 两个等位基因,易于自动化检测[1].另外,存在于 编码区及调控区的SNP位点可以改变基因的表达 水平和表达产物的功能,因此成为遗传学,人类 学,药物基因组学等领域常用的遗传多态位点[2--oq. 目前有很多SNP基因分型方法网.其中大规模 高通量的基因分型方法以Affimatrix公司的 GeneChip[s]技术和Illumina公司的BeadArray技术 为代表[9].中等通量SNP分型的代表技术是基于 “引物延伸法”的SEQUENOM公司的飞行时间质 谱(MALDI—TOF)基因分型技术[10~13】和PE公司的荧 光偏振光基因分型技术[13,14】.引物延伸法指延伸引物 在待检测SNP位点上延伸一个或若干个碱基,然 后根据延伸产物所带荧光的不同或其分子质量的不 同而确定其基因型.MALDI—TOF是在引物延伸法 的基础上,结合”基质辅助激光解吸电离 飞行时间质谱技术”(matrixassistedlaser desorptionJionizationtimeofflightmass spectrometry,MALDI—TOF)[5】发展起来的SNP分 型方法.课题组用MALDI—TOF’’4重”SNP实验方 法,对国际”人类基因组单体型图计划”协作 组随机抽取的1500个SNPs位点进行分型检测, 有1183个位点被成功分型,分型准确率是 99.55%,达到了国际同行的先进水平. 在MALDI—TOF”4重”SNP分型实验中,观 察到不同位点有不同的分型成功率,且高成功率位 点的高质量分型结果较多.因此,分析了96个 SNPs位点(95个样本)的近10000个分型数据(4 重反应检测1,来研究位点分型成功率和位点质量 之间的关系.在’’4重”实验方法的基础上,为了 进一步提高通量和降低成本,设计了新的高重反应 分型方法.新设计的方法被称为”混合准8重”和 “复点准8重”实验方法.用这两种’’准8重”实验 方法检测95个人DNA样本的32个SNPs位点, 并与’’4重”实验方法的相同样品和位点的结果做 比较,以验证两种”准8重”实验方法的实际可 行性. 1材料与方法 1.1DNA样品 实验样本由美国Coriell医学研究所(Coriell InstituteforMedicalResearch)提供,编号为 HAPMAPPT01.样品包含30个欧裔三体家系和5 个重复,共计95份个体DNA样本和一个阴性对 “十五”国家重大科技专项(2002BA711A09)和中国科学院知识 创新工程重大项目(KSCX2一SW-207). 通讯联系人. Tel:O10Fax:010 E-mail:zhaoh@ 收稿日期:2005—02—05,接受日期:2005—03-28 ? 668?生物化学与生物物理进展Prog.Biochem.Biophys.2005;32(7) 照.详细情况参见网址/nigrns/ nigms_ cgi/pane1.cgi?id=2amp;query=HAPMAP01. 1.2基因分型引物 本试验选取的SNP位点,是国际”人类基因 组