图位克隆原理.pptxVIP

图位克隆原理简要说明;在拟南芥的众多生态型中最常用的三种是 Landsberg erecta(Ler) Columbia(Col) Wassilewskija(Ws) 其中Col生态型用于拟南芥的全基因组测序。;Marker;SSLP = simple sequence length polymorphisms 简单序列长度多态性 又称 SSR= simple sequence repeats 比较产物长度;CAPs = cleaved amplified polymorphic sequences 酶切扩增多态性 利用酶切位点;Marker: MIG5-B;dCAPs = derived CAPS 设计引物引入错配碱基，从而引入酶切位点;其它标记;SNP = single nucleotide polymorphism 单核苷酸多态性 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。(后面两种情况的多态性一般归为InDel） 密度： 每 3.3kb 存在一个 ;;;;;;F1;F1;F1 配子;F2 短根个体;wild type;只有左侧三种植株会选入定位群体;分子标记M5与突变位点的遗传距离：;分子标记M4与突变位点的遗传距离：;分子标记M3与突变位点的遗传距离：;;;Col;Ler;Col;突变位点与分子标记M的遗传距离：;;;;SSLPs;;步骤总结;在突变位点附近区域内绝大部分的样品跑样结果都应该为只有非重组的Col条带，即记录Rf为0，只有少数的样品存在交换，Rf记为1。 图中的6、12号样品即为重组子;在筛选出6、12号两个重组子以后，假设在目标区域内寻找到新的标记引物，就不需要把所有的个体跑样，只需要跑重组子个体 例：;1. 建议使用一对位于相对确信的区域内的 次低重组率标记引用来筛选 2. 可以根据情况调整用来筛选 重组子的Marker 3. 要选择好用、绝大部分一次 就能扩出来的标记引物;1.山大丁老师 提供的引物 2.TAIR网上提供的常用Marker 3.AMP上提供的常用Marker 4.TAIR网上公布的所有多态性位点资料;;MPK6 FP: AATCTTGTAATCTGGTGCGTG;;;STEP3: 把目标区域内的BAC名字分次键入到AMP的Marker搜索栏;;注意: 每个株系到精确定位后期可能用到数十上百的MARKER，请将自己使用、订制过的MARKER的相关资料清晰记录下来，便于日后查看。;目标区域内基因搜索;附加;由于我们以短根为筛选突变体的指标，因此下面提到的突变的基因都应该会导致幼苗短根。 ;由于我们以短根为筛选突变体的指标，因此下面提到的突变的基因都应该会导致幼苗短根。 ;;;;补充;孟德尔规律;二、非等位基因间的相互作用 无互作： 9:3:3:1 有互作：　 9：7　　互补作用　　　　　15：1　　重叠作用 　　　　　13：3　　抑制作用　　　　　 9：6：1　　累加作用　　　　　 9：3：4　　隐性上位作用　　　　 12：3：1　　显性上位作用;Thanks for attention.