蛋白质分类预测中的新方法研究.pdfVIP

第一章绪论 第一章绪论 1．1引言 生物信息学是-13利用多学科知识研究生物和生物相关系统中信息内容与 信息流向的综合系统学科【1】。通过生物信息学的计算与处理，人们才能从众多零 散、看似无规则的生物学观测数据中获得对生命运行机制的系统理解。从工具 的角度来讲，生物信息学是今后所有生物科学、生物技术研究开发必需的工具。 通过生物信息学对大量数据资料进行分析，人们才能判断该领域正确的研发方 向【l】。生物信息学研究不仅具有重大的科学意义，而且它也具有巨大的经济效益。 许多研究成果可以较快地产业化，进而生产出价值极高的产品。因此，在进入 新世纪以后许多的研究人员和研究机构都把注意力集中到基因组、蛋白质组、 蛋白质结构以及与此密切相关的学科研究上【2圳。 近些年来，随着结构生物学实验检测技术和分析技术的发展，已经有相当 数量的蛋白质以及一些核糖核酸、多糖类物质的三维结构获得了精确的测定14，纠。 通过生物大分子的结构，有针对性地设计药物成为目前研究的热点【5一。科学工 作者利用生物信息学这个工具不仅可以用于积累大量生物信息数据，而且还能 对这些数据进行详细地解释并从中发现结构与功能之间的密切关系，比如通过 对表面电荷分布、能级、分子轨道的相互作用等信息的解析[7-9]。对于蛋白质结 构与功能的分类预测问题作为蛋白质组学研究的一个重要组成部分，近几年来 受到了研究者们越来越多的关注…21，对其研究也越来越深入。 1．2蛋白质结构预测 1．2．1蛋白质结构预测研究的意义 经研究表明，蛋白质的结构和功能之间的关系是完全统一的，任何一个特 定的蛋白质之所以能行使它特定的生物功能，这是由其特定的空间结构决定的， 清楚蛋白质的结构对真正理解其作用机理所不可或缺的【13l。通过蛋白质三维空 间立体结构的研究可以有效解析蛋白质的功能。目前，用于测定蛋白质三维空 间结构的实验方法主要有两种：一是多维核磁共振方法(NMR)；二是X．ray晶 第一章绪论 体衍射方法。NMR方法能够测定溶液中蛋白质分子结构，但是对样品的需求量 较大，且样本蛋白质分子量也受到一定限制【13】；X．ray晶体衍射方法需要先对蛋 白质进行纯化、结晶，虽然最终能得到高分辨率的蛋白质晶体结构，但不能测 定溶液中蛋白质分子的三维结构。这两种方法各有局限性：NMR方法的主要缺 点是精度较差，且对蛋白质体积的大小有所要求(只能测定较小的蛋白质)；而 X．ray晶体衍射方法对蛋白质晶体制备要求苛刻，并且有些蛋白质很难获得晶体 结构【13,14]。此外，两种方法都具有周期长、成本高、技术难度大等缺点。 尽管实验技术不断得到改进，但通过实验确定的蛋白质结构和已知序列之 间的差距仍在不断增大【15】。显然，所有蛋白质的空间结构都通过实验来测定是 不现实的，蛋白质三维空间结构测定的速度远远不能满足研究与应用的需求。 因此，利用生物信息学知识，发展一种可靠的蛋白质结构预测方法已成为一项 6】。 迫切的任务ps,J 1．2．2蛋白质分子的组成和结构分类 从最简单的单细胞生物到最高等的人类，他们最基本、最重要的组成物质 都是蛋白质和核酸。核酸是生物体遗传信息的携带者，所有生物体的世代相传， 就是依靠核酸分子具有的精确复制的性质【】。人体蛋白质的含量约占人体固体 成分的45％。它的分布很广，几乎所有的器官组织都含有蛋白质，蛋白质是生 命活动的主要承担者，所有的生物活动，甚至感知、思维和学习，都是依靠蛋 7】。 白质来完成的【l 1．2．2．1蛋白质分子的结构 蛋白质是一种具有生命活性的高分子有机化合物，通常由一条或多条不同 性质的高分子肽链经过有序的组织而成【13】。所有组成蛋白质的基本单位都是氨 基酸(aminoacid)，自然界中的天然氨基酸总共有20种，它们都是L型a．碳原 子Il7。。如图1．1所示，都是以一个碳原子为中心，四周都分别连接一个羧基、一 个氨基、一个氢原子以及一个侧链基团。各种氨基酸的不同之处就在于侧链基 团R的不同，也正是这种差异造成了各种氨基酸的形态、性质、功能等特征有 着巨大差异。考虑到侧链的极性及带电性的差异，这些氨基酸可以被分为以下 四类： 疏水氨基酸：Ala,Met，Leu，Lie，Phe，Pro和Val 带电氨基酸：Asp，G虹Arg和Lys