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分子生物学第四次课资料精
Transcriptional Factor and
RNA Processing
Wang Di 王迪 Ph.D
2010-9-15
Institute of I mmunology, diwang@zj
Gene Identification
Finding Eukaryotic Genes Computationally
Content-based Methods
GC content, hexamer repeats, composition statistics, codon
frequencies
Site-based Methods
donor sites, acceptor sites, promoter sites, start/stop codons, polyA
signals, lengths
Comparative Methods
sequence homology, EST searches
Combined Methods
Promoter prediction
CpG island
CpG island Prediction
Identification of transcriptional start site and core promoter
Software prediction:
Core promoter” and Neural Network Promoter Prediction”
1.0 1.0
0.8 0.8
0.6 0.6
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r r
o o
c c
S 0.4 S 0.4
0.2 0.2
0.0 0.0
0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000
base base
Identification of transcriptional start site and core promoter
Identification of
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