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三七皂昔类成分蛋白质相互作用网络研究 ［摘要］三七皂昔类成分是三七发挥药效的活性部 位，目前对其作用机制尚无系统的研究。该文构建了三七皂 昔类成分的蛋白互作网络并对网络进行模块分析，通过模块 的功能及包含的蛋白从分子水平上阐释三七皂昔类成分的 作用机制。结果表明三七皂昔发挥药效主要与环磷酸腺昔代 谢、血管伸缩、血液凝固、T细胞增殖与分化等生物过程相 关。 ［关键词］三七皂昔；蛋白互作网络；功能模块；分子 作用机制 ［收稿日期］2013-09-30 ［基金项目］国家科技支撑计划项目(2008BAI51B01)； 北京中医药大学自主课题项目(2013-JYBZZ-XS-072) ［通信作者］乔延江，教授，Tel: (010) E-mai1: yjqiao@126. net ［作者简介］任真真，硕士研究生，Tel: (010 E-mai1: renzhen8649@gmai1. com 三七为五加科植物三七 Panax notoginseng (Burk.) F. H. Chen的干燥根，主产于广西云南。现代药理研究表明三 七发挥作用主要与抗凝血、扩张血管、抗心肌缺血、降血压、 抗动脉粥样硬化等药理作用有关［1-4］ o三七中主要有效成 分为人参皂昔Rbl,人参皂＜Rgl及三七皂昔R1,也是含三 七注射液中的药效成分，目前含三七的注射液主要有三七总 皂昔注射液、血塞通注射液及复方丹参注射液等。目前对三 七及其注射液分子作用机制的研究较少且不能体现中药对 人体的整体调节。网络药理学[5]的研究与中医药的“整体 观”与“辨证论治”不谋而合，可通过系统观察药物对生物 网络的干预与影响，揭示药物作用于人体的奥秘。本文通过 确定人参皂昔Rgl、人参皂昔Rbl及三七皂昔R1作用的靶点， 利用这些靶点及蛋白质相互作用信息构建三七皂昔类成分 作用的蛋白互作网络。通过对网络进行模块分析及模块功能 的注释，以期从分子网络水平上阐释三七皂昔类成分的作用 机制，为三七及其注射液的研究提供科学依据。 1材料与方法 1.1数据挖掘经过文献调研，本研究选取三七中含量 较高且活性较强的3个主要皂昔类成分对其进行成分靶点的 数据挖掘，分别为人参皂昔Rgl、人参皂昔Rbl及三七皂昔 R1 o成分对应靶点信息来源于ChEMBL[6] ( https : //www. ebi. ac. uk/chembl/# )和 STITCH3. 1[7] ( http : //stitch, embl. de/)数据库(截止 2013 年 4 月)，其中 STITCH 数据库对每一个成分-靶点关系都有一个打分值，本实验选 择打分高于0.7的高置信度数据，并对挖掘出的信息逐条检 查，去除低质量数据，以确保数据的可靠性。 1.2基于药效团搜索的三七皂昔成分作用靶点辨识药 效团是指药物分子与受体结合或作用时起重要作用的原子 或基团组合，与这些原子或基团的空间距离限制共同构成了 三维药效团[8]。基于药效团技术的中药有效成分群辨识是 指以三维药效团辨识模型，利用三维数据库搜索技术，对中 药化学成分数据库进行搜索匹配，辨识出作用于同一靶点具 有相似活性的中药有效成分群。 本研究基于本实验室已构建的27个靶点三维药效团辨 识模型，对人参皂昔Rbl、人参皂昔Rgl及三七皂昔R1进行 了辨识。辨识过程就是用药效团辨识模型中可反映靶点活性 的药效特征与化学成分进行匹配的过程。 1.3三七皂昔类成分蛋白互作网络的构建及分析 蛋白 质相互作用信息来自于String 9. 1数据库(http： //string-db. org/) [9], String数据库是一个储存已知的 和预测的蛋白质相互作用的数据库，包含蛋白间直接的和间 接的相互作用。它对于每一个蛋白互作信息都有一个打分 值，本文选取的是打分高于0.7的高置信度的数据，以确保 数据的可靠性。将得到的蛋白质相互作用数据导入 Cytoscape 2. 8. 3[10],利用 Advanced Network MergeEll] 分别对每个靶点的蛋白互作网络进行union计算，去除重复 边，最终得到三七皂昔类成分的蛋白互作网络。 蛋白质几乎不能单独的实现其生物及生理功能，而是通 过相互作用结合成一个团体来完成特定的细胞任务，这些紧 密联系的团体称之为蛋白复合体或功能模块。因此，本文对 构建的三七皂昔类成分的蛋白互作网络进行了模块分析，采 用MCODE算法［12］。MCODE是一种基于图论的聚类算法，它 能快速的在大规模的蛋白质网络中检测到稠密连通区域，并 且对模块中蛋白的关联程度进行打分。其中决定识别出的模 块的大小的参数K-Core设置为3,即识别出的模块至少包含 4条边。利用cytoscape中的BinGO插