蛋白质组学的研究进展-蛋白质组学研究方法课件.ppt

* 但是基因组在肌体内所有细胞内都是一致的，在一定时期内是稳定的，并不能反映机体的真实情况。蛋白质是生物体内执行功能的重要分子，细胞内蛋白质的组成、含量反映着我们肌体内的真实情况。所以研究细胞内的蛋白质才是我们谈探索生命秘密的途径。 * * Mascot是概率为基础，测量绝对概率的方法 Profound是使用贝叶斯理论，根据肽段出现的机率，在数据库中进行检索。 SEQUEST根据实验得到的和数据库中的实际谱图之间的交叉相关来对蛋白进行检索的。 * 这是一张关于蛋白组研究的实验说明图， 我们可以看出生物信息学从生物样品的准备一直到最后数据的处理都贯穿于我们的研究当中。 所以了解和使用生物信息学工具对我们的蛋白质组学研究是必不可少的。 * PMF——MS-Fit（Prospector的一部分）、ProFound、Mascot； MS-Fit 和Mascot是基于肽段出现的绝对或然率进行检索的，ProFound是基于贝叶斯理论，根据肽段出现的几率，在数据库中进行蛋白质序列检索。 PFF——Mascot、SEQUEST、Emowse（EMBOSS软件包）。 SEQUEST是根据测量得到的谱图和数据库中模拟的酶解谱图之间的交叉相关来进行检索的。 但上面的这些软件和算法都是商品化的， Emowse是一个免费的软件在网上可以获得。 2. 网路鉴定工具: AAComldent工具和PeptideMass工具都是expasy网站上的蛋白质一般性鉴定工具。 AAComldent通过将未知蛋白质的氨基酸组成测量值与数据库中蛋白质的氨基酸组成的理论值相比较预测蛋白质。在加入一些限定因素后，可以增加鉴定的准确度。 PeptideMass是用于多肽图谱实验使用的，可以将用户选择的蛋白酶或化学试剂模拟处理提交的蛋白质，然后模拟得到一些长度不一的多肽，还可以对得到的这些肽段进行等电点、相对分子量分析预测。还可以显示肽段上的修饰位点。 3. 数据库资源： PIR-PSD： /pirwww/ SWISS-PROT：/sprot 都可以提供大量的蛋白质序列信息，并且可以下载数据库到本地的计算机，进行检索或者在网上直接进行检索。 * DNA测序目前已经非常成熟，所以通过翻译编码的DNA获得相应的蛋白质序列是常用来得到未知蛋白质序列的方法，主要同过两个步骤来实现： 首先是寻找DNA的开放阅读框，也就是DNA表到蛋白的序列，可以通过一些来完成，如NCBI的开放阅读框找寻器；第二步就是将这些序列翻译成氨基酸序列，可使用欧洲生物信息研究所（EBI）提供的Protein machine 来完成。 另外，在网络上也拥有丰富的资源可以使用，如1）美国国家生物技术信息中心（NCBI）： GenBank核酸序列数据库, /genbank； 2）欧洲生物信息研究所（EBI）： 欧洲分析生物学实验室核酸数据库（EMBL）, www.ebi.ac.uk； 3）日本国立遗传学研究所： 日本DNA数据库（DDBJ）, www.ddbj.nig.ac.jp。 2.多肽片段指纹图谱（PFF） 步骤：用酶专一性酶解蛋白质，经过分离，得到的肽段在质谱中被选择和破碎后得到MS/MS谱图，与数据库中的谱图比较进行鉴定 代表方法： LC-ESI-MS/MS 2D-LC-MS/MS（shotgun） Proteomics 2004, 4, 619-626. J. Biotechnol. 2003, 106, 147-156. J. Mass Spectrom. 1998, 33, 1-19 生物信息学在蛋白质组学研究中的作用 J. Biotechnol. 2003, 106, 147-156. 生物信息学在蛋白组研究中的应用 1. 编码的DNA序列的寻找与分析（分析研究对象）； 2. 蛋白质序列信息的获取（搜索与测序）； 3. 蛋白质鉴定和性质预测; 4. 蛋白质序列分析； 5. 蛋白质结构和功能预测； 6. 数据的分析与整合：大范围基因表达分析；蛋白-蛋白相互作用；蛋白在细胞内的定位；构建通路和细胞系统；预测和发现新的知识。 蛋白质鉴定和性质预测 蛋白质鉴定： 1.检索工具和算法： PMF——MS-Fit（Prospector的一部分）、ProFound、Mascot； PFF——Mascot、SEQUEST、Emowse（EMBOSS软件包）。 2. 网络鉴定工具: AAComldent工具 www.expasy.ch/tools/aacomp PeptideMass工具 www.expasy.ch/tools./peptide-mass.html 3. 数据库资源： PIR-PSD： /p