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第四章: 核酸序列检索与分析 主讲教师: xxx 答疑电话: 13xxxx76 Email: yixxxxin@ 核酸序检索 启动子序列定位及功能预测 基因表达读框分析 核酸局部序列比对分析 主要数据库介绍 Genebank Genebank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。 NCBI的网址是： EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。 数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/ NCBI介绍：NCBI建立在1988年,作为一种公共分子生物学信息资源, 而创建的公开数据库。 NCBI的计划：1.基本研究；2.数据库；3.软件的开发；4.教育和训练 现在我们以查找“大鼠心肌肌凝蛋白轻链２”的基因序列为例，介绍如何从ＮＣＢＩ中在线获取所需要的核酸序列． 大鼠心肌肌凝蛋白轻链２(其英文名称为:myosin light chain 2,Myl2) 核酸序检索 启动子序列定位及功能预测 基因表达读框分析 核酸局部序列比对分析 真核生物基因表达在时间和空间上的有序性研究，已经成为目前世界上最为活跃的科研领域之一。真核生基因调控，根据其性质可分为两大类： 第一类是瞬时调控或称可逆性调控，它相当于原核细胞对环境条件变化所作出的反应。瞬时调控包括底物或激素水平升降，及细胞周期不同阶段中酶活性和浓度的调节。 第二类是发育调控或称不可逆调控，是真核基因调控的精髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的全部进程。 根据基因调控在同一时间中的先后次序，又可将其分为: 转录水平调控（transcription regulation） 转录后水平调控（posttranscription regulation） 翻译水平调控（translation regulation） 蛋白质加工水平调控（protein maturation）等。 它们均受到严格的调控。其中，转录水平的调控是最为有力的调控。 启动子是一段位于结构基因5＇端上游区的DNA序列，能指导全酶与模板的正确结合，活化RNA聚合酶，并使之具有起始特异性转录的形式，故启动子是指确保转录精确而有效地起始转录的DNA序列。 真核基因的启动子在-25～－３５区域含有ＴＡＴＡ序列，在－７０～－８０区域含有ＣＣＡＴＴ序列，在－８０～－１１０含有ＧＣＣＡＣＡＣＣＣ或ＧＧＧＣＧＧＧ序列。习惯上，将ＴＡＴＡ框上游的保守序列称为上游启动子元件（upstream promoter element,UPE）或称上游激活序列（upstream activating sequence,UAS）. 然而，大多数的组织结构基因并没有严格地遵守上述规 基因组序列中启动子的存在与否以及含有何种启动子对于了解相应基因的转录调控具有重要的意义。一些保守的功能区如启动子、增强子、转录因子结合位点、内含子与外显子剪接位点等也可以通过生物信息学技术进行分析。已有大量的数据库收集了启动子位点（promoter site）和转录因子结合位点（transcription site）的信息。 是否含有以上数据库中所包括的序列模式。联网至：/seq_tools/promoter.html，可对基因序列进行启动子分析。 以下我们以查找大鼠心肌肌凝蛋白基因序列及启动子功能分析为例，给同学们讲解核酸序列的检索与功能分析。 核酸序检索 启动子序列定位及功能预测 基因表达的读框分析 核酸局部序列比对分析 mRNA需要翻译为蛋白南方能发挥其生物学作用，因此，核酸序列的可读框架（Ｏpen reading frame,ORF）的分析在基因工程中具有很重要的作用。对于真核生物而言，一条全长cDNA序列将只含有单一的ORF。一般情况下，按照序列是否含有合适的起始密码子和终止密码子来查找最长的ＯＲＦ，或者在同一相位含有前置终止密码的起始密码子，并具在poly(A)末尾的区域视为最可能的ＯＲＦ。 利用计算机和互联网，对核酸序列的所有相位进行搜索可以很快地获得ＯＲＦ结果。国际互联网上的ＯＲＦ分析资源有：/gorf/gorf.html(ORF查找器);http://expasy.hcuge.ch/www/dna.html(将ＤＮＡ翻译为蛋白质)。 核酸序检索