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Autodock问题集锦 1. autodock给出的binding energy可靠性如何？ Autodock给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！ 很粗略的 这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。 就如同GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore GOLD socre Cscore 等等这样的打分函数！ 是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。 除了autodock还有以下软件可以计算自由能或打分 a. 原来的Insight2005（现在的DS）中的docking，可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。 b. dock也能算，MM/PBSA打分，另外schrodinger旗下的macromodel模块，prime模块都能算binding energy 2. 用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据 格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了~ 3. AUTODOCK 产生的氢键原理 在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢，两边连的是C 查看TXT文本，该S原子的类型为 SD ，也就是S是氢键给体 AUTODOCK里定义的是S是氢键给体，O是氢键受体。对于这个H键，显而易见，O是氢键受体，但是S是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是C 求助解释下，S与O是如何形成氢键的？ 如果两个杂原子间距（小于两个氢键键长）和角度在一定范围内，很多软件会认为它们能通过H原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原子，各软件定义的范围不同，此氢原子亦可来自于水分子，当然你对接过程中可能没有添加水分子，实际上分子间空隙是会填充水的 另外建议你用Sybyl看氢键会好一些 4. 使用autodock之前需要进行能量最小化优化吗？ 对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在里面 5. 关于AutoDock输出结果中的能量值 下面是autodock运行 打分值最好的输出结果Rank: 1_1Binding Energy:? ?? ?? ?? ? -15.1kI :? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?8.58pMIntermolecular Energy :? ???-14.39Internal Energy :? ?? ?? ???-5.38Torsional Energy :? ?? ?? ? 3.84Unbound Extended Energy:? ? -0.83Cluster RMS:? ?? ?? ?? ?? ???0.0Ref RMS:? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?6.79tutorial中说Dock Energy=intermolecular energy+internal energy那么在此例中Dock Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77,而Binding Energy=-15.1,两者并不相等,但两者是平行的,按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果我很困惑的是 如果Binding Energy就是我们关心的Binding Free Energy(结合自由能△G),那么Dock Energy又是什么含义?Dock Energy and Binding Energy有什么不同,他们都是怎么定义的?还有这里Binding Energy的单位是kcal/mol还是kJ/mol或是其它? 关于docked Energy: 对接能量＝分子间能量+分子内能量 关于freeEnergy: 自由能＝分子间能量项+扭转熵因子罚分项（这一项的值是一个常数乘以配体内可旋转键数目，此处我怀疑这一项的值要么是那个unbound extended energy,是这一项值的可能性比较大，因为这两项加起来很接近freeEnergy的值，但又不是绝对相等，小数点后总差点。） 分子间的结合自由能计算不应包括分子内能,这点我非常的认同.我的理解是文献中引用的能量值△G(结合自由能,binding free energy)就是输出中的binding energy,即 △G=binding free energy=binding energy,AutoDocK结果中的△G应该直接计算得出,不可能再经过计算得到.freeEnergy与Binding