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如果您有一份高分辨率转录组数据 2016/2/1 RNA工坊 众所周知，基因调控是高度动态的和严格调控的。为了能够定量地解析基因调控，我们必须直接测定转录动力学。何为转录动力学（Transcript kinetics），就是时间尺度上的转录本拷贝数的变化速率。从而我们可以解析不同的转录调控形式。转录动力学测定需要满足两个条件：一是转录本数量的绝对定量；二是采样时间分辨率足够高。RNA-seq技术绝对胜任这项工作。然而，当前常规的RNA-seq却存在着两个问题：一是采样时间跨度大；二是采用相对定量法。 这次来自Francis Crick Institute的科学家呈上了一份高分辨率的转录组数据。他们减小了采样时间跨度，还有利用spike-in RNA来绝对定量转录本的数量，并借助了Gaussuan process方法来减小绝对定量过程中的技术噪音（technical noise）。 他们利用这份高分辨率转录组数据，给出了三个有意思的研究结果： 作者发现，针对某个基因，该基因的表达过程是平滑的轨迹。 转录动力学的跨度可以达到8个数量级。 作者通过表达动态相似性进行基因的聚类分析，发现了Temperal synexpression这个现象。这些具有相似表达动态的基因应该受到相似的调控网络的控制。作者通过GO分析，并结合Temperal synexpression现象，能够预测基因的功能。 通过分析时间尺度，不仅能得到全部基因表达的时间尺度，还可以区分出基因调控阶段或发育过程。 本文中还有其他一些有意思的现象。比如平常使用的参考基因（gapdh, odc1, eef1a1等）基因表达变化幅度较大，不过RNA helicase ddx3x表达水平比较一致。总之，就如作者所言，高分辨率的转录组数据能够更好的探究基因的表达过程。如果能再结合单细胞转录组测序技术，我们也许能创造出一个4-D的转录组图谱。 本文系RNA工坊原创编译整理，欢迎转载！转载请注明来源并附原文链接。谢谢 Measuring Absolute RNA Copy Numbers at High Temporal Resolution Reveals Transcriptome Kinetics in Development Owens ND,?Blitz IL,?Lane MA,?Patrushev I,?Overton JD,?Gilchrist MJ,?Cho KW,?Khokha MK. ABSTRACT Transcript regulation is essential for cell function, and misregulation can lead to disease. Despite technologies to survey the transcriptome, we lack a comprehensive understanding of transcript kinetics, which limits quantitative biology. This is an acute challenge in embryonic development, where rapid changes in gene expression dictate cell fate decisions. By ultra-high-frequency sampling of Xenopus embryos and absolute normalization of sequence reads, we present smooth gene expression trajectories in absolute transcript numbers. During a developmental period approximating the first 8 weeks of human gestation, transcript kinetics vary by eight orders of magnitude. Ordering genes by expression dynamics, we find that “temporal synexpression” predicts common gene function. Remarkably, a single parameter, the characteristic timescale, can classify transcript kinetics globally and distinguish genes regulating development from those involv