基因组序列诠释辽宁师范大学.pptVIP

第5章 基因组序列诠释 完成基因组测序仅仅是基因组计划的第一步，更大的挑战在于弄清： ①基因组顺序中所包含的全部遗传信息是什么？ ②基因组作为一个整体如何行使其功能？ 这两项任务都必须依赖于对基因组顺序的正确注解或诠释(annotation)，首先是从已知顺序中搜寻基因。 5.1 搜寻基因 一旦获取基因组的DNA顺序后，不管它是来自某一区段还是一整条染色体，第一个任务就是从中查找基因，这是解读整个基因组的基础。查找基因有两种常见的方法： ①根据已知的顺序人工判读或计算机分析寻找与基因有关的序列； ②进行实验研究，看其能否表达基因产物及其对表型的影响。 5.1.1 根据顺序分析搜寻基因 如果一段DNA顺序中含有编码基因，那么这段顺序的碱基序列就不会是随机排列的，一定存在某些可以辨别的特征。目前还没有一个能适用于所有情况的“基因序列”的标准，只能根据已知的某些规律来推测哪些顺序可能是基因。 开放读框 基因都含有开放读框(open reading frames，ORFs)，它们由一系列指令氨基酸的密码子(codons)组成。开放读框有一个起点，又称起译密码(initiation codon)：ATG；还有一个终点，又称终止密码(termination codon)：TAA、TAG和TGA。从DNA顺序中搜寻基因总是从第一个ATG开始，然后向下游寻