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* 大量生物学实验数据信息按照一定的目标被收集整理存储在数以百计的各种数据库之中,而这些数据库分散在世界各地,提供相关的数据查询及数据处理服务。这些数据库大多可以通过网络访问或通过网络下载。 * 刚刚接触生物信息的新手常常不知如何开始相关的学习和研究,这里列出了WWW上很好的生物信息站点,可以做为生物信息学学习及研究的起点。每个门户站点都提供了大量的链接、数据库及生物信息软件等资源。 * Tasmanian 袋獾 History of bioinformatics 二十世纪六十至七十年代,为萌芽期。 形成生物信息学最基本的研究内容和思路:序列比较。 1962年Zucherkandl和Pauling开创新的领域-分子进化 Margret Dayhoff 1967年收集蛋白质家族序列数据,形成蛋白质序列图谱集, 是PIR (Protein Information Resource)的前身。 70年代的PAM矩阵(Percent Accepted Mutation matrices),描述了进化过程中一个碱基或氨基酸残基产生变化的概率。 Needleman Wunsch:1970年,序列比对算法是对生物信息学最重要的贡献。 History of bioinformatics 二十世纪八十年代,为形成期。 数据的共享、新算法及计算工具的进步,改善了人类管理和利用分子数据的能力。代表: EMBL, Genbank, DDBJ三大分子数据库的国际合作 Smith Waterman的局部比对算法(algorithm of local alignments)(公共子序列识别算法) Pearson Lipman的FASTA序列比对及搜索工具 History of bioinformatics 1990s,高速发展期。以基因组测序与分析为代表。 人类H.sapiens(人)基因组计划为推动者 第一个完成全基因组测序的细菌:流感嗜血杆菌( H. influenzae, 1995年) 其它基因组计划(Gemone projects): Mus. Musculus(家鼠), C.elegans (线虫),, … Lipman的BLAST 生物信息学发展过程中的里程碑性事件 生物信息学在国内的发展 与世界几乎同时开始生物信息学的研究 二十世纪六十年代已有研究; 二十世纪八十年代,形成期; 二十世纪九十年代,开始; 1996年中国第一个生物信息中心在北京大学生命学院成立 目前已有一定规模的学者在从事生物信息学研究 第三节、 重要的生物信息站点 1、国外生物信息中心 2、国内生物信息站点 3、其它有用的网址 生物信息中心的建立是为了更有效地利用生物信息数据资源,及时地交换信息、相互借鉴以及全球范围内的资源共享。因此也被称为生物信息门户网站。 国外生物信息中心 专业节点:欧洲生物信息研究所(英国,EBI) Sanger研究所(英国,Sanger) 国家节点: 由政府机构指定,主要任务是为本国用户提供生物信息资源和生物计算服务,同时提供用户支持和培训以及进行生物信息的研究和开发。 如:瑞士节点SIB 澳大利亚节点ANGIS 日本国立遗传学研究所(NIG) 可参看郝柏林、张淑誉编著的《生物信息学手册》 美国国家生物技术与信息中心(NCBI) / 包含了公共数据库、生物信息工具及应用等多种资源。与很多生物信息软件相关的站点及资源有链接。 欧洲生物信息研究所 (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ 日本 DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 英国Sanger研究所网址:http://www.sanger.ac.uk 主要提供基因 组研究相关的数据与分析工具 瑞士节点: http://www.isb-sib.ch/ 北京大学生物信息中心: 是EMBnet和亚太生物信息网络(APBioNet)的中国节点。 上海生命科学研究院生物信息中心: / 香港中文大学生物信息中心(HKBIC): .hk/ 网址: / Webs for some biological information // (小木虫) / (丁香园) / (生物谷) (生物软件) * * * 任何一本教材或参考书中都会有失误甚至是错误,即所阐述的观点与内容并不是100%都正确的。不要被动地囫囵吞枣,要通过自己的分析思考得出结论。要会在看书或学习中问问题
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