基于特征的系统发生分析.ppt

严格一致树 (strict consensus tree)：只要有一棵简约树与其他不同，对所有不一致的分支点都进行相同的处理。 过半截定一致 (50% majority-rule consensus) ：只要有至少一半的树符合条件，这个内部节点在一致树中就可以表示成二叉节点，而少于一半的树符合条件的内部节点表示为多叉节点。 不一致性阈值是一个参数，可以取0 ～100%的任意值。 由一个数据集推断出的3棵树 7 7 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 过半截定一致原则 1 2 3 4 5 6 7 严格一致原则 5.5 树的置信度 所有的系统发生树都是关于组成数据集的序列的进化历史的假设。 系统发生树的可靠性? 问题： （1）整棵树和它的组成部分（分支）的置信度是多少？ （2）这样得到正确的树的可能性比随机选出一棵是正确的树的可能性大多少？ 解决方法： 自举检验——解决问题（1） 参数检验——解决问题（2） 5.5.1 自举检验 (bootstrap test) 自举检验是一种重采样技术，能粗略地量化这些置信度水平。 自举检验的基本方法是： （1）从原数据集中抽取（同时替换）部分数据组成新的数据集。 （2）用这个新的数据集 推断 系统发生树。 重复上述过程，产生成百上千的