课件第6讲 蛋白质二级结构预测.pdfVIP

2011/11/4 内容提要 • 二级结构预测研究的用途 第6讲蛋白质二级结构预测 • 预测方法 基于结构知识的方法基于结构知识的方法，，立体化学方法立体化学方法 基于统计的方法，ChouFasman法, GOR法 南京大学生命科学学院 基于同源序列比对的方法，最邻近方法 生物信息学课程 基于神经网络的方法，PHDsec • 预测的软件工具 历史 用途 • 蛋白质二级结构的预测始于20世纪60年代中期 • 二级结构规律提供选择特定蛋白质变体的指导 • 用于蛋白质同源模建中的序列与结构对齐 • 预测的方法大体分为三代 • 在序列间的关系较弱时，二级结构可帮助建立蛋 – 第一代基于单个氨基酸残基统计分析，从有限的数据集 白质结构关系白质结构关系 中提取残基形成特定二级结构的倾向来预测二级结构中提取残基形成特定二级结构的倾向来预测二级结构； – 第二代预测方法基于氨基酸片段的统计分析，使用大量 • 检验晶体学模型的有效性、帮助NMR结构测定与计 的数据作为统计基础，统计的对象不再是单个氨基酸残 算 基，而是氨基酸片段，片段的长度通常为11‐21，准确率 • 通过匹配α螺旋与β折叠建立三级结构的基础 在65%左右； – 第三代方法运用蛋白质序列的长程信息和蛋白质序列的 进化信息，使二级结构预测的准确程度有了比较大的提 高，准确率达到70%‐75% 。 立体化学方法 基于残基亲疏性的模型 • 立体化学方法是一种用物理化学方法进行二级 • Lim等人对α螺旋和β折叠归纳出22种序列的 结构预测的方法。 亲疏水间隔模式 • 它根据氨基酸的理化性质它根据氨基酸的理化性质，，如疏水性如疏水性、极性极性、 • Biou, 1988 点模式法点模式法 侧链基团的大小等，以及残基之间的组合预测 蛋白质的二级结构。 – 9种疏水残基：CILFMVWHY – 9种亲水残基：KERSODNQT – 2种两性残基：AG 1