两种模式生物核小体定位比较研究-生物信息学.pdfVIP

第 １２卷 第３期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１２ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １４ 年 ９ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｅｐ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１４．０３．０２ 两种模式生物核小体定位比较研究 ∗ 卢　 英，丰继华 ，单秋甫，陈攀峰，单增辉 （云南民族大学电气信息工程学院，云南 昆明６５０５００） 摘　 要：在对两种模式生物酵母与果蝇胚胎期核小体定位进行研究时，发现不同物种间以及同一物种中不同表达模式基因上 的核小体分布呈现出差显著异性。 在总体上，转录起始位点附近的酵母核小体ＮＦＲ 区域比果蝇的ＮＦＲ短。 经基因中心对齐 后，酵母与果蝇胚胎期沉默型基因的核小体缺失区域的两个边界中间处共同呈现了一个明确有着均匀间隔的核小体数ｎ，且 随着基因长度Ｌ 的变长其周期性特性逐渐变模糊，但果蝇的图谱表现的更为复杂。 结果表明，从单细胞酵母生物到多细胞果 蝇生物间基因组的进化过程中，核小体组织的演化既有变异性，也具有保守性。 关键词：酵母；果蝇胚胎期；核小体定位；核小体缺失区域（ＮＦＲ） － － － － － 中图分类号：Ｑ ３　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１４） ０３ １６２ ０５ Ａ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅ ｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇｐａｔｔｅｒｎｉｎｔｗｏｍｏｄｅｌ ｏｒｇａｎｉｓｍｓ ∗ ＬＵ Ｙｉｎｇ，ＦＥＮＧＪｉｈｕａ ，ＳＨＡＮ Ｑｉｕｆｕ，ＣＨＥＮ Ｐａｎｆｅｎｇ，ＳＨＡＮ Ｚｅｎｈｕｉ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ ｅｌｅｃｔｒｉｃａｌ ａｎｄ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｎａｔｉｏｎａｌｉｔｉｅｓ，Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０５００，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｙ ｓｔｕｄｙｉｎｇ ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅ ｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇ ｄｕｒｉｎｇ ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ ｐｅｒｉｏｄ ｏｆ ｔｗｏ ｍｏｄｅｌ ｏｒｇａｎｉｓｍｓ， Ｙｅａｓｔ ａｎｄ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ，ｗｅ ｆｏｕｎｄ ｔｈａｔ ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅ ａｒｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ａｌｏｎｇ ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅ ｇｅｎｅｓ ｗｈｉｃｈ ｅｉｔｈｅｒ ｂｅｌｏｎｇ ｔｏ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｒ ｔｈｅ ｓａｍｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ． Ｉｎ ｇｅｎｅｒａｌ，ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅ ｆｒｅｅ ｒｅｇｉｏｎｓ （ＮＦＲ） ｒｅｇｉｏｎｓ ａｒｏｕｎｄ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｓｔａｒｔ ｓｉｔｅｓ ｉｎ ｙｅａｓｔ ａｒｅ ｎａｒｒｏｗｅｒ ｔｈａｎ ｔｈａｔ ｉｎ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ． Ｉｆ ａｌｉｇｎｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｃｅｎｔｅｒ，ｔｈｅｒｅ ａｌｗａｙｓ ａｒｅ ａ ｗｅｌｌ⁃ｄｅｆｉｎｅｄ ｎｕｍｂｅｒ ｎ ｏｆ ｕｎｉｆｏｒｍｌｙ ｓｐａｃｅｄ ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｍｉｄｄｌｅ ｏｆ ＮＦＲｓ ｆｏｒ ｅｍｂｒｙｏ ｓｉｌｅｎｃｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｂｏｔｈ ｓｐｅｃｉｅｓ，ａｎｄ ｔｈｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｕｎｉｆｏｒｍｌｙ ｓｐａｃｅｄ ｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅｓ ｇｒａｄｕａｌｌｙ ｇｏ ｆｕｚｚｙ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ Ｌ ｂｅｉｎｇ ｌｏｎｇｅｒ ，ｗｈｉｌｅ ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｐｒｅｓｅｎｔｓ ｍｏｒｅ ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ ａｎｄ ａｍｂｉｇｕｉｔｙ ｔｈａｎ ｙｅａｓｔ ｒｅｌａｔｉｖ