蛋白质结构分析及三维可视化讲义.pptx

蛋白质结构分析及三维可视化;课程工具;课程内容;蛋白质结构与功能预测;考虑氨基酸理化性质时注意的主要因素：侧链基团的大小， 和疏水性。常根据氨基酸侧链的疏水性进行分类;From wikipedia;蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定 ，蛋白质结构预测成为了解蛋白质功能的重要途径 蛋白质结构预测分为: 二级结构预测 空间结构预测 ;二级结构预测;通过对多种蛋白质结构分析发现各种氨基酸在不同二级结构中出现具有偏好： -α-螺旋 ：具有长侧链的氨基酸如Leu、Met、Gln和Glu -β-折叠：β碳原子处有分支的侧链如Val，Ile，和Phe -Pro在螺旋和折叠中出现都不适宜 -Gly也很少出现在螺旋和折叠中 -pro和Gly常出现在β转角中 通过蛋白质的氨基酸序列预测二级结构可以达到70％的准确率;蛋白质的三维结构;蛋白质序列数据库 ;蛋白质结构数据库;;/proteomics;;Protein Data Bank数据库 收集了全世界利用核磁共振，X-ray衍射实验，理论模拟出来的蛋白质和DNA的 三维立体结构 PDB是全球最重要的蛋白质结构资料来源，主要提供的信息有：原子的空间坐标， 引用文献，形成的α-helix和β-sheet的氨基酸序列，二硫键连接模式，与蛋白结合 的ligand，参与生化功能的residue ;/pdb/home/home.do;课堂练习;Pymol;Pymol GUI;;;获取序列;2018/12/31;进入日内瓦大学生物分子学网站;同源建模服务器建模;自动模式建模;将以上获取的Fasta序列的 MHLTPEE ? MHLTPVE 重新建模;;蛋白质功能预测