PERL在生物信息学中的应用讲义.ppt

文件缓冲 缓冲 无缓冲 打开： open,sysopen sysopen 关闭 close 读 ,readline sysread 写 print syswrite 定位 tell,seek sysseek 读文件 $line=file读一行到line，指针后移一行。缺省读到$_中。$/=‘\n，为行分隔符，遇到它则为一行结束，行包含$/。可用chomp($s)去除此标志，行尾不含$/则不去除字符。可设置$/为其他字符串，遇到$/为行结束，chomp去除此字符串。 ＠array=file文件内容全部读出，每行为一个元素。含回车。 当从STDIN中读时，可省略为。 read(F,$in,len[,$offset])读入$in sysread(F,$in,len[,$offset]) getc(F)读一个字符 命令行参数 ＠ARGV：全局，$ARGV[0]是第一个参数，不是程序名。 是对$ARGV的引用。＠ARGV一旦赋值，原值丢失。 1。第一次看到＜＞时，打开以$ARGV[0]中的文件。无参数则打开STDIN读。所以可以省略。 2。shift(@ARGV),元素数量减少一个。 3。＜＞读打开的文件中的所有行。 4。再读第二个参数表示的文件。 文件尾检测：eof和eof()。文件结束返回真。 ＠ARGV＝（”file1”,”file2”）; while($line=){if(eof){print eof;}} 读取file1到末尾时，下一循环打开下一文件。每次读完一个文件输出eof.　　 if(eof()){print eof);}所有文件都读完才输出eof。 写文件 printf(“format str”,$a,$b…);同c中的printf，格式化串包含%m.nf的格式指示，后面依次是相应的值列表。 print F ( “str”); 　F文件句柄，后面为空格，省略F为STDOUT。 　str输出内容。可用单引号’，不进行变量替换，不加引号，计算出变量的值再输出。 　()可省略。这是函数的特点。 write用于格式化输出。不是read的相应操作。 syswrite(F,$data,length,$offset);同sysread 文件测试 –op expr if( -e “file1”){print STDERR (“file1\n”);}文件是否存在。 -b是否为块设备 -c是否为字符设备 -d是否为目录 -e是否存在 -f是否为普通文件 -g是否设置了setgid位 -k是否设置了sticky位 -l是否为符号链接 -o是否拥有该文件 -p是否为管道 -r是否可读 -s是否非空 -t是否表示终端 -u是否设置了setuid位 -w是否可写 -x是否可执行 -z是否为空文件 -A距上次访问多长时间 -B是否为二进制文件 -C距上次访问文件的inode多长时间 -M距上次修改多长时间 -O是否只为“真正的用户”所拥有 -R是否只有“真正的用户”可读 -S是否为socket -T是否为文本文件 -W是否只有“真正的用户”可写 -X是否只有“真正的用户”可执行 -s 返回文件长度，-A-C-M返回天数。 正则表达式(模式匹配) 检验匹配是否成功 =~字符串是否匹配模式，匹配则为真，没有匹配则为假。!~不匹配为真，匹配为假。 regular expression，规则表达式 模式匹配，在字符串中寻找特定序列的字符。 指定模式：由斜线包含，/def/即模式def。 匹配操作符 =~、!~ $question=“expleaseding” $question =~ /please/ $question!~/edit/ 正则表达式的使用 if ($question =~ /please/) { print (Thank you for being polite!\n); } else { print (That was not very polite!\n); } 用于条件判断： grep：正则表达式只对简单变量匹配，如果是数组@a=~/abc/，则’2’=~/abc/。用grep(/abc/,@a);对数组中的每个元素匹配。 split(/abc/,$line)根据模式匹配分割字符串。 模式匹配的3种类型： m//模式匹配，s///匹配并替换，tr///逐一替换