基因组学第5章转录起始复合物的组装.PPTVIP

锌指(Zinc finger)基序 由肽链的保守序列中的一对组氨酸加一对半胱氨酸(His2／Cys2)或2 对半胱氨酸(cys2／cys2)与一个锌离子形成配位键，这些氨基酸对之间的多肤链成环状突出并折迭成指形结构，多个指结构常串联重复。 锌指族转录因子以二聚体形式同 DNA 上的顺式调控元件结合。 含锌指基序的转录因子：与 GC 盒结合的SPl、类固醇激素受体家族，抑癌蛋白WT1 等。 亮氨酸拉链(Leucine-Zipper)基序 由一段每隔 6 个a a就有一个Leu 的伸展肽链组成，这些周期性出现的Leu 都位于α—螺旋的同—侧面，因此两条均含Leu 拉链基序的蛋白质通过亮氨酸侧链的相互作用形成二聚体。 具有亮氨酸拉链基序的转录因子：原癌基因 C-Jun/C-fos(APl 家族) 螺旋-环-螺旋(Helix-loop-Helix，HLHt)基序 由 2 个α螺旋间隔一个非螺旋的环(loop)组成．如原癌基因产物 C-myc 及其结合蛋白Max． 含 HLH 和Leu-拉链基序的转录因子的相似性： ①均至少含有一个α螺旋，其中都有一侧亲水面和一侧疏水面，因此这两种基序又称为两亲α—螺旋基序． ②两类转录因子均依靠α螺旋氨基端附近的碱性区（带正电荷 aa 区）与DNA 结合，因此又分别称为bzip 和bHLH （b=basic，碱性) ③两类转录因子活性都依赖于二聚体化 凝胶阻滞分析 凝胶阻滞实验可鉴定出与蛋白质结合的DNA片段 第二节 转录起始中DNA与蛋白质相互作用 DNA-蛋白质相互作用是转录调控的方式 DNA: 顺式调控元件(cis-regulating element),是指对基因表达有调控活性的DNA 序列，其活性只影响与其自身同处于一个DNA分子上的基因． 蛋白质：反式作用因子(trans-acting factor)是通过识别和结合顺式调控元件的核心序列而调控靶基因转录效率的一组蛋白质． DNA-蛋白质相互作用 顺式调控元件 启动子(promoter) 增强子(enhancer) 负调控元件—沉默子(silencer) 绝缘子 其它顺式调控元件： 1）应答元件(responsive elements) 真核细胞中对某些特定的环境作出应答的基因，常具有相同的顺式元件—应答元件． 应答元件能被在一些特定情况下表达的调控因子识别(又称为可诱导的顺式调控元件／反式作用因子)。 2）转座元件 RNA聚合酶与启动子的结合方式 直接结合，细菌 通过DNA结合蛋白间接结合，真核生物 细菌RNA聚合酶结合于启动子序列 细菌中RNA聚合酶结合的靶序列叫做启动子。 大肠杆菌乳糖操纵子的启动子 真核细胞启动子更加复杂 真核生物中，启动子一词用于指所有对基因转录起始有重要作用的序列。 这些序列可能有多个，各具有不同的功能，不仅包括作为起始复合物组装位点的核心启动子（有时也叫做基本启动子），还包括一个或多个位于核心启动子上游的上游启动子元件。 转录起始事件 RNA 聚合酶结合核心启动子 封闭的启动子复合物转换为开放的启动子复合物 RNA合成的起始 启动子清除：聚合酶向启动子下游移动 第三节 细菌转录起始调控 细菌的转录起始调控 转录起始 1）组成型控制：依赖于启动子结构 2）调节型控制：操纵子学说，依赖于调解蛋白水平 启动子(promoter) 与基因转录启动有关的一组DNA 序列，一般位于转录起始点上游100-200bp 以内，其功能是决定转录的起始点和调控转录频率． 原核启动子： 1）-35框： 5’-TTGACA-3’ 2）-10框 5’-TATAAT-3’ 细菌启动子结构决定转录的基础水平 细菌启动子共有序列是可变的 1）-10框：T80A95T45A60A50T96 影响启动子复合物从封闭向开放的转换 2）-35框：T82T84G78A65C54A45 影响σ亚基识别，从而影响RNA聚合酶结合 转录起始点附近及转录单位前50个核苷酸序列影响转录起始后的延伸 不同的基因可能有不同的最有效启动子 启动子序列突变可能改变转录起始的基础水平 大肠杆菌转录起始 细菌RNA聚合酶 结构：核心酶+σ亚基 1）核心酶：α2ββ’ 2）σ亚基：启动子特异性结合 不同的σ亚基识别不同的启动子 σ70：标准σ亚基，指导大多数基因转录 特定条件下其它σ亚基被激活 例：热休克基因的识别 非标准的σ亚基和其识别序列 操纵子及其相关概念 操纵子(operon)，指一组在基因组中彼此相邻的基因，两基因头尾间可能仅隔一两个核苷酸。操纵子的所有基因都作为一个单位表达。 结构基因(structural gene)，编码非调