生物信息学中的算法问题-中科院计算所生物信息课题组.ppt

生物信息学中的算法问题 Version 1.0 卜东波 贺思敏 赵 屹 中科院计算所生物信息学课题组 华大－曙光生物信息学联合实验室 2002/12/03 主要内容 生物信息学中的算法问题 我们的工作 (ICT IBP BGI) 一、生物学 vs 信息科学 生物信息学的研究目标 特点：天然的形式化 碱基：A,C,T,G四种 常见氨基酸：20种 目标： 以DNA序列作为源头 揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”； 之后进行蛋白质结构和功能预测。 生物信息学的两个挑战 高性能计算： 海量的数据 每14个月翻一番 算法： 海量的数据使得原有算法不适用 新需求 生物信息学的研究流程 第一步：生物学问题的提出 生物学为主 第二步：数学建模、算法设计 信息科学为主 第三步：结果解释、实验验证 生物学 生物信息学脉络 生物信息学问题概览（1） 基因组时期：序列－结构－功能 DNA测序和拼接 比对 进化树 蛋白质质谱鉴定 序列注释：基因预测、细胞定位 结构预测：RNA结构预测、蛋白质折叠 。。。。。。 生物信息学问题概览（2） 后基因组时期：相互作用－网络－功能 生物芯片（DNA芯片、蛋白质芯片） 相互作用网络 调控网络 E-Cell 药物设计 。。。。。。 1. 大规模测序和拼接 生物学问题： 从DNA片段恢复原始序列 全自动的测序仪器：Me