柑橘黄龙病的细胞病理及其寄主转录组学研究分析.docx

独创性声明堂僮途塞题旦；挝插董蕴痘笪细胞痘理区墓查主整丞组堂堡窒 独创性声明 堂僮途塞题旦；挝插董蕴痘笪细胞痘理区墓查主整丞组堂堡窒 本人提交的学位论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。论文中引用他人已经发表或出版过的研究成果，文中已加了特别标 注。对本研究及学位论文撰写曾做出贡献的老师、朋友、同仁在文中作 了明确说明并表示衷心感谢。 学位论文作者：僧任敏 签字日期：勿眸心月移日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解西南大学有关保留、使用学位论文的规定，有 权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被 查阅和借阅。本人授权西南大学研究生院(筹)可以将学位论文的全部 或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复 制手段保存、汇编学位论文。 (保密的学位论文在解密后适用本授权书，本论文：跻保密，口保 密期限至年月止)。 学位论文作者签名：礴似触 导师签名 签字日期：加，哞住月咕日 签字日期：明，缸年J≯月·J日 万方数据 本研究承蒙公益性行业(农业)科研专项(201003067，201203076) 本研究承蒙 公益性行业(农业)科研专项(201003067，201203076) 中央高校基本科研业务费创新团队项目(XDJIQ014A001) 美国农业部柑橘外来入侵病原研究(1245．141．218一OOd) 西南大学研究生学术交流基金及国家留学基金委(2012699016) 资 助 The study was supported by Special Fund for Agro—scientific Research in the Public Interest(201 003067) Fundamental Research Funds for the Central Universities(XDJK20 1 4A00 1) Invasive Pathogens ofCitrus，United Stated Department ofAgriculture(1245-141—218- OOd) Academic Exchange Foundation of Southwest University and China Scholarship Council(20 1 26990 1 6) 万方数据 目录中文摘要 目录 中文摘要 I Abstract． ． ．． ． ．． ． ．． ． ． ． ． ． ． ．． ． ． ． ．．． ． ． ．．V 第一章 文献综述 1 1．1 研究历史 1 1．1．1 柑橘衰退病病原认识历程 1 1．1．2 柑橘黄龙病病害名称统一历程 2 1．2 地理分布及危害 2 1．2．1 柑橘衰退病的地理分布和危害 2 1．2．2 柑橘黄龙病的地理分布和危害 3 1．3 生物学特性 3 1．3．1 寄主范围 3 1．3．2 病原分类 4 1．3．3 症状 5 1．3．4 传播途径 6 1．4 细胞病理学研究 8 1．4．1 柑橘衰退病的细胞病理学 8 1．4．2 柑橘黄龙病的细胞病理学 9 1．5 分子生物学研究 ．．10 1．5．1 病原基因组 ．．10 1．5．2 遗传多态性 ．．1 3 1．6 病原间及病原．寄主间互作 ．14 1．6．1 细菌．寄主间互作 ．15 1．6．2 病毒．寄主问互作 ．17 1．6．3 病原间互作 ．．17 1．6．4 转录组研究 ．．1 8 1．7 RNA—seq技术研究进展 一21 1．7．1 RNA．seq简介 一21 1．7．2 RNA．seq实验流程和转录组重构方法 一2l 1．7．3 RNA．seq优势和在果树研究中的应用 ．．22 第二章 前言 一25 万方数据 第三章 第三章 黄龙病菌及噬菌体对柑橘组织结构的影响 ．．27 3．1 材料与方法 27 3．2 结果与分析 32 3．2．1 黄龙病菌、噬菌体SCl和SC2检测 ．32 3．2．2 光学显微镜观察 32 3．2．3 TEM观察 ．33 3．3 讨论 ．35 3．4 结论 ．37 第四章 黄龙病菌和衰退病毒与甜橙植株的互作 ．。39 4．1 材料与方法 40 4．2 结果与分析 44 4．2．1 CaLas与CTV的PCR检测结果 44 4．2．2 复合侵染症状 48 4．2．3 Fisher’S exact检验 50 4．3 讨论 ．52 4．4 结{仑 ．54 第五章 黄龙病菌和衰退病毒胁迫甜橙的转录组比较分析 ．．55 5．1 材料与方法 55 5．2 结果与分析 57 5．2．2 各样品读段数(reads)比较分析