高通量测序在临床精准诊疗中的应用.pptVIP

PGS临床流程 检测内容： 全部染色体非整倍体 大于4Mb的新发的染色体微缺失/微重复 大于1Mb的遗传自父母的染色体微缺失/微重复 ? 使用范围: 高龄患者（≧35岁） 有反复流产史的患者（自然流产≧3次） 反复胚胎种植失败的患者（失败≧3次） 生育过染色体异常患儿的夫妇 自身染色体数目或结构异常的夫妇 严重的男性不育（SMF），少弱精子症、畸精症 自愿接受胚胎染色体异常排查的夫妇 PGS检测内容及适用范围 对NGS在PGS应用的思考 高灵敏NGS技术的测序环境防污染系统的建立 单细胞测序 操作者脱落细胞的污染？ 样本与植入物的一致性问题 胎盘/胎儿染色体结构差异（也叫局限性胎盘嵌合，cpm）现象在生殖领域（PGS）也存在，具体指囊胚活检样本与其内细胞团染色体结构不一致，发生比例大概1-10%，因为研究难度较大，具体数字还没有共识。 注册审批的难度 1)国家标准物质研制 2)临床试验的难点? NGS在肿瘤分子诊断中的应用 *每10万人发病人数 **每10万人死亡人数 数据来源：全国肿瘤登记中心的《2012中国肿瘤登记年报》 前十大肿瘤发病占肿瘤整体发病比例76.39% 前十大肿瘤死亡占肿瘤整体发病比例84.27% 发病率* 每年新发3,120,000人 死亡率** 每年死亡2,700,000人 肺癌，54人 胃癌，36人 结直肠癌，29人 肝癌，29人 食管癌，22人 乳腺癌，21人 胰腺癌，7人 淋巴癌，7人 膀胱癌，7人 甲状腺癌，7人 肺癌，46人 肝癌，26人 胃癌，26人 食管癌，17人 结直肠癌，14人 胰腺癌，7人 乳腺癌，5人 白血病，4人 脑癌，4人 淋巴癌，4人 高通量测序在临床精准诊疗中的应用 高通量测序成本迅速下降 第一次人类基因组测序耗时13年，成本30亿美元，到2008年11月，基因组测序仅需一两周，花费10万美元。新一代仪器可将全基因组序列测序成本降到1000美元以下，成本不足第一代的百万分之一。而且随着技术进步，仍在不断下降。 成本快速下降，测序领域的超摩尔定律助推临床应用 测序设备发展现状 * 第一代（稳定需求） ABi 3130xL(FDA CFDA) 3730xL 3500xL（FDA CFDA） 第三代 Life Technologies (ABi) Ion Torrent PGM? Helicos Biosciences Helicos Genetic Analysis System Pacific Biosciences RSSystem 第二代（高速发展） Roche Genome Sequencer FLX System GS Junior System Illumina Genome Analyzer IIx MiSeq HiSeq 1000 HiSeq 2000 HiSeq 2500 Life Technologies (ABi) 5500 SOLiD? System 5500xL SOLiD? System DanaherMotion Polonator G.007 Complete Genomics 无锡艾吉因生物信息技术有限公司 AG-100 深圳华因康基因科技有限公司（CFDA） Pstar-1 中科院北京基因组所/半导体所 BIGIS-1 BIGIS-4 各类高通量测序技术原理 高通量测序技术在临床中的主要应用范围 出生缺陷相关分子诊断中的应用 无创产前检测领域中的应用（NIPT） 染色体畸变检测领域中的应用（CNV-seq） 胚胎植入前遗传学筛查领域中的应用（PGS） 肿瘤相关分子诊断中的应用 遗传性肿瘤突变检测（Germ line） 肿瘤组织体细胞突变检测（Somatic） 液态活检（Liquid Biopsy） 出生缺陷防治，任重而道远。 “… … 据估计，目前我国出生缺陷发生率在5.6%左右,每年新增出生缺陷数约90万例。出生缺陷不仅影响儿童的生命健康和生活质量，而且影响整个国家人口素质和人力资源的健康存量，影响经济社会的健康可持续发展。” ——《中国出生缺陷防治报告（2012）》 新生儿2000万 出生缺陷婴儿100万 6‰ 染色体疾病 10‰ 单基因疾病 30～40‰ 多基因疾病 11‰ 智力障碍 20～30‰ 各种畸形 出生缺陷分为染色体疾病、单基因和多基因疾病 NGS在无创产前检测领域中的应用（NIPT） NIPT的科学基础 – 血浆游离胎盘DNA 胎儿游离DNA：cell-free fetal DNA（cff