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6.运行ProteinProphet 点击Analysis Pipeline,选择Analyze Peptides ProteinProphet界面 点击Add Files 选择经PeptideProphet后生成的 interact.xml文件 其他为默认,点击Run ProteinProphet! 其它参数为默认,点击Run ProteinProphet,即可运行ProteinProphet程序 运行ProteinProphet 运行ProteinProphet完成后生 成的interact-prot.shtml 文件可由IE打开. 经ProteinProphet分析得到的结果可由IE打开,在IE中输入 http://localhost:1441/ISB/data/raft/interact-prot.shtml 可以看到经ProteinProphet后的结果为: 7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件 在min probability 填上0.9,选择export To excel,然后点击 Filter/Sort/Discard Checked entries, 即可将结果过滤并生成 Excel文件. 过滤筛选后生成的excel文件 结果编号 蛋白索引号 蛋白可信度 唯一对应肽段数 对应肽段总数 过滤筛选后生成的excel文件 Thank You! We can find where the overlap is between the hypothetical and the actual spectra… Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块, 能够对经Sequest数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的. 蛋白质组学数据统计分析软件 Trans-Proteomic Pipeline (sashimi) 蛋白质组学数据统计分析软件 蛋白质组学数据统计分析软件 sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) (ALLERGEN BOS D 5) - Bos taurus (Bovine). MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI TPEVDDEALEK : p = 0.96 PTPEGDLEILLQK : p = 0.81 LSFNPTQLEEQCHI : p = 0.65 P = 1 – (1-0.81)(1-0.96)(1-0.65) = 0.99 蛋白质组学数据统计分析软件 TPP的安装与配置 从/TPP.php 上下载并安装windows版本TPP软件: TPP_Cygwin_Setup.exe. 安装过程将会安装Cygwin(a Unix environment). 安装完后,桌面上生成了TPP和Cygwin的图标 使用TPP  在浏览器里输入http://localhost:1441/tpp-bin/tpp_gui.pl , 或者点击桌面上的 TPP Web Tools ,将会出现TPP的登陆界面. TPP的登陆界面 UserName: guest Password: guest TPP Web Interface的欢迎界面 样本数据分析 准备工作: 确保C盘至少1G的空闲的硬盘空间. 将数据文件ZCNI_No1(含.dta和.out文件)至ZCNI_No6和质谱RAW文件ZCNI_No1.RAW至ZCNI_No6.RAW,以及Sequest参数文件sequest.param放到目录: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\ZCNI_training下 3. 将数据库文件ipi.HUMAN.fasta放到目录: C: \database中 操作流程 将SEQUEST结果转换成HTML文件； 将质谱RAW文件转换成mzXML文件 ； 以HTML和mzXML文件运行PeptideProphet，得到pepXML文件； 以上步得到的pepXML文件运行ProteinProphet，得到最终结果； 1.生成htm