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qPCR实验作业流程
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Q-PCR实验流程
①实验前准备,每天早上到实验室后,先把超净工作台的紫外灯打开15-20分钟。②超净台前做实验,需佩戴干净的橡胶手套/一次性薄膜手套,RNA抽提需带口罩。③取EP管/枪头时需用镊子,不可以用使用过的手套直接取用。取完EP管/枪头后,袋子及时封好。④橡胶手套须放入超净台照射紫外,实验操作过程中不得带出超净台,移液器在一天工作结束后调至最大量程,并用75%乙醇清洁移液器,枪头盒及超净台面。⑤实验进行的过程中或观看实验时,没有带口罩不要在超净台前讲话。
总RNA抽提
1)细胞培养皿中细胞样品用1*PBS洗两次后,用1ml枪将PBS吸干净,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,吹打混匀,并吸至1.5ml RNase free EP管中使细胞充分裂解,室温静置5min;
组织样品用液氮充分研磨,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,混匀,室温放置5min使其充分裂解;(管盖与管壁都需标记样品名称)
加入200μl氯仿,剧烈振荡混匀30s,使水相和有机相充分接触,室温静置3-5min;(离心时离心管按顺序排放,离心完毕,离心管的顺序也按顺序排好,与第一步的顺序一致)
3) 4℃下,14,000g离心15min,可见分为三层,RNA在上层水相,移至另一个新的RNase
沉淀RNA:加入等体积异丙醇,轻柔地充分混匀(颠倒6-8次)(不应用振荡器混匀),室温静置10min;
4℃下,14,000g离心10min,收集RNA沉淀(如离心后仍不见EP管底部有沉淀,应将EP管放置在-80度冰箱过夜,继续在4℃下,
用75%乙醇洗涤两次(12,000g离心5min)(加入乙醇后只需轻轻颠倒EP管即可,不用振荡器震荡或枪头吸打沉淀),超净台风干;沉淀不能过干或过湿,过干则不易溶解,过湿则乙醇残留。
视沉淀量加入适量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。
三、去基因组
使用RNase-free的DNase ?(Promega),按以下体系配置反应液,37℃消化30min,65℃
RNA
DNase ?
10 x buffer
H2O(RNase free)
RNasin
30
20
10
39.5
0.5
μl
μl
μl
μl
μl
总体积
100
μl
然后按以下步骤操作:
1) 加入等体积的苯酚/氯仿,上下颠倒混匀,室温放置5min,后14,000rpm,离心15min,取上清。
2) 加入等体积的氯仿,上下颠倒混匀,静置分层后14,000rpm,离心15min,取上清。
加入等体积异丙醇,轻柔地充分混匀(颠倒6-8次),-20℃静置15
4℃下,14,000g
用75%乙醇洗涤两次(12,000g离心5min),超净台风干;
加入适量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。
四、总RNA纯度和完整性检测
纯度检测:取1μl RNA样品50倍稀释,在核酸蛋白检测仪上测定OD值,OD260/OD280的比值大于1.8,说明制备的RNA较纯,无蛋白质污染。
总RNA完整性检测:取RNA样品1μl,1%琼脂糖凝胶电泳80V×20min,EB染色10min,用凝胶成像系统观察并拍照,总RNA的5s rRNA, 18s rRNA和28s rRNA条带,三条条带完整的话即可证明总RNA抽提比较完整。
五、逆转录
1. mRNA:
在RNase free的PCR管中配置下列溶液.
Total RNA
H2O
1.0
μg
μl
总体积
12
μl
将上述溶液吹打均匀,置85℃保温5min,使RNA变性。随后立即冰上致冷, 以防止RNA复性;
在该PCR管中加入下列试剂(Promega)
oligo(dT)
Random primer
10mM dNTP
RNase inhibitor
5 x buffer
M-MLV
0.5
0.5
2.0
0.5
4.0
0.5
μl
μl
μl
μl
μl
μl
总体积
8.0
μl
将上述20μl反应溶液30℃
42℃保温5
85℃保温10min
-20℃
2. microRNA:
使用茎环逆转录法,原理如下图:
在去RNase的PCR管中配置以下溶液.
total RNA
X个miR逆转录引物
H2O
1.0
0.5*X
μg
μl
总体积
12.5
μl
2)将上述溶液混匀,85℃孵育5min,以打开
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