蛋白质化学蛋白质的分子构象.pptVIP

?-螺旋的不稳定因素 R基团带同种电荷，Lys、Glu、Asp等； R基团较大时造成空间位阻，如Ile； 多肽链中有Pro或HO-Pro，α—helix中断，产生‘结节’kink； 大量存在Gly时，二面角的Ф与ψ角可以任意取值，因此也形成不了α螺旋。 β－折叠 两条或多条几乎完全伸展的肽链通过链间的氢键交联而形成的。 肽链的主链呈锯齿状折叠构象 平行式 反平行式 在?-折叠中，R基团处于折叠平面的两侧，两个AA之间的轴心距为0.35nm； 肽链主链上羰基碳与氨基上的氢形成氢键； ?-折叠有两种类型:平行式，反平行式。 反平行式比平行的?-折叠更稳定，因为它形成的氢键三个原子几乎在一条直线上，此时氢键力量最强，所以反平行式的结构更稳定。 大多数蛋白质中的?-折叠是向右手扭曲的。 ?-折叠 ?-转角 由四个Aa组成; 弯曲处的Aa1的 -C=O 和Aa4–N-H 之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构(310)。 无规则卷曲 没有一定规律的松散结构，通常酶的活性中心常处在 这一构象区域里。 超二级结构 超二级结构 超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件，其基本形式有αα、βαβ和βββ等。多数情况下只有非极性残基侧链参与这些相互作用,而亲水侧链多在分子的外表面。 结构域 结构域 在一个蛋白质分子或亚基中，多肽链常折迭成二个或几个紧实的局部单位，这些彼此分隔的单位多为紧密的球状构象、彼此分开，并由松散的肽链相连，这些结构称为结构域。 ?? 三级结构 三级结构 是指整条多肽链通过盘旋、折叠，形成的由二级结构元件构建成的总三维结构，包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系,骨架和侧链在内的所有原子的空间排列 。 三级结构特定的空间构象是由氢键、离子键、偶极与偶极间的相互作用、疏水作用等作用力维持的，疏水作用是主要的作用力。有些蛋白质还涉及到二硫键。 如果蛋白质分子仅由一条多肽链组成，三级结构就是它的最高结构层次。 鲸肌红蛋白 卟啉铁 肌红蛋白 分子量为17000。 是一条包含153个氨基酸的多肽链。 具有一个血红素，位于血红素分子的扁圆盘的孔穴中。 75%-80%是?-螺旋，其余为无规则卷曲。由8个螺旋段组成。 血红素处于疏水的空穴中，血红素的Fe2+可以和4个吡咯环的N原子配对，还与血红蛋白中的His的咪唑基相配位；第六个位置可以和O2可逆地结合。达到运输和储藏O2的目的。 稳定三级结构的作用力 A.蛋白质的疏水侧链为避开水相，聚集在一起形成一个疏水内核。由于非极性侧链的疏水作用，可以使多肽链折叠、盘旋，从而形成一个内含疏水核、外包亲水壳的球状的紧密构象。 B.带正电和带负电的侧链会发生静电吸引，产生离子键。 C.蛋白质分子中，羰基氧和亚氨基氢原子等相互作用产生的氢键。 D.两个半胱氨酸的侧链-SH生成的二硫键。 蛋白质化学蛋白质的分子构象 蛋白质分子构象 蛋白质分子构象的链接 / 王志珍，蛋白质的折叠：“破译第二遗传密码” 中国科普网/kjqy/file/0247.htm 蛋白质的空间结构和功能? 1/fzjx/swhx/kecheng/cpt3/cpt3nr.htm 蛋白质的结构及其功能? /pic/30/11/18/004.htm 蛋白质的结构及其功能/bio/protein.files/frame.htm Protein Structure Terminology http://www.med.unibs.it/~marchesi/pps97/course/section9/9_term.html 概述 蛋白质的结构层次 基本结构：一级结构 是由多肽链的氨基酸排列顺序组成的；是一维的由肽键组成的结构。 高级结构（指多肽链的三维构象）：结构层次由简单到高级分为： a.二级结构： 是指由多肽链组成的主链骨架形成的构象。它是由氢键维持的局部的有规则的构象。主要组成形式有：α-螺旋、β-折叠等。 b.三级结构： 是由多肽链通过盘旋、折叠而形成的紧密的、借助各种次级键而维持的球状构象。 c.四级结构：由多个多肽链组成的有的蛋白质由多条肽链组成，每条肽链称为亚基，亚基之间又有特定的空间关系，称为蛋白质的四级结构。 蛋白质的结构层次 一般认为，蛋白质的一级结构决定二级结构，二级结构决定三级结构。 肽和肽键 肽和肽键 A.肽（peptide） ? AA的α-COOH和AA的α-NH3脱水后形成的化合物称为肽。 B.肽键（peptide bond） 肽 R C