蛋白质组学及其在肾脏病研究中的应用.pptVIP

蛋白质组学及其在肾脏病研究中的应用; 第一节 蛋白质组学的概念及其发展史 第二节 蛋白质组学研究方法概述 第三节 蛋白质组学在肾脏病研究中的应用; 第一节 蛋白质组学的概念及其发展史;蛋白质组是澳大利亚学者Williams和Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的杂合,意指proteins expressed by a genome，即“一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质”。 ;对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 同一基因组在不同细胞、不同组织中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。;蛋白质组学(proteomics) ;蛋白质组学研究的内容;二、蛋白质组学的产生与发展;1. 20世纪中后期，生命科学研究进入了分子生物学时代。 2. 随着人类基因组全序列测定，生命科学跨入了后基因组时代。 3. 因mRNA的表达情况不能直接反应蛋白质的表达水平。 基因产物是否以及什么时候被翻译表达、翻译产物的相对浓度、翻译后修饰的程度等现象并不能从研究基因组中得到回答。 4. 蛋白质有自身特有的活动规律，如动态修饰、加工、转运定位、结构形成、代谢等，均无法从基因组水平上的研究获知。蛋白质构象病更难于只靠DNA序列来解释。 5. 蛋白质才能动态反映生物系统所处的状态，蛋白质作为生命活动的主要体现者。 20世纪90年代中期，国际上萌发了蛋白质组学。;;;进 展;; 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），并分别于2003年9月召开了中国蛋白质组学首届学术大会，2007年8月在广州召开了第五届学术大会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 ;一、蛋白质组表达模式的 研究方法;研究蛋白质组的组成成分 支撑技术主要有双向凝胶电泳、以质谱为代表的蛋白质鉴定技术及生物信息学分析。 ;生物学问题的提出;;研究流程;（一）蛋白质组研究中的样品制备 ;样品预分级的主要方法; 样品预分级主要作用在于提高低丰度蛋白质的上样量和检测灵敏度。;组织水平上的蛋白质组样品制备;激光捕获显微切割(laser capture microdissection，LCM) ;（二）蛋白质组研究中的样???分离;原 理 ;特 点;第一向IEF电泳;固相pH梯度等电聚焦的优点;第二向SDS电泳;2-DE技术的缺点 ;;;;凝胶的图像处理分析及细胞蛋白谱的建立 ;;无腔眼金鱼胚胎;;;;大鼠肝脏蛋白质双向凝胶电泳图谱，上样量300μg，银染。 ;;大鼠肝脏差异蛋白质双向凝胶电泳局部图谱，上样量300μg，银染。 ;新型非凝胶技术 ;液质联用技术（LC-MS/MS） ; 根据蛋白质带电性及疏水性不同，用MS分离多肽复合物。 ;;（三）蛋白质组研究中的样品分析鉴定;新型蛋白质鉴定技术 —— 质谱（MS）法 ;“软电离”的特点; 基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF MS） 电喷雾质谱（electrospray ionization mass spectrometry， ESI-MS） ;;;;鉴定和注释蛋白质的路线 ;质谱基础;串联质谱图;;; 仪 器 ; 肽质谱指纹图在数据库中匹配不成功的可能原因; 操作中角蛋白或其他蛋白质的污染 蛋白质发生了较多的转译后修饰，数据库中未有记载 所用胰蛋白酶质量不够好，蛋白酶自酶解片段多 未知的新蛋白质 数据库规模太小 ;组织切片或印片原位质谱分析技术 两级飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF） 傅里叶转换回旋共振质谱（FTMS） 表面增强激光解吸/电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS） ;;（四）蛋白质组学研究的生物信息学; 构建和分析双向凝胶电泳图谱 数据库的搜索与构建 ;蛋白质组数据库是蛋白质组研究水平的标志和基础 ;dbEST数据库 ;; 概念：把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。 ; 低丰度蛋白质检测困难 蛋白质表达量差异很小，如在50%以下时，精确定量成为瓶颈 蛋白质表达的瞬时变化 ;1．基于双向凝胶电泳的定量 蛋白质组研究策略 ;;;2．基于生物质谱的定量蛋白质组研究策略 ;;;;;二、蛋白质组功能模式的研究方法;揭示蛋白质组成员间的相互作用、相互协调的关系