外显子捕获结题报告.docxVIP

外显子组测序结题报告 PAGE 2 外显子捕获结题报告 2010-11-22 2010-11-22 内容 TOC \o 1-3 \h \z \u 1 项目信息 1 2 工作流程介绍 2 2.1 Agilent液相捕获平台 2 2.2 NimbleGen 液相捕获平台 3 2.3 生物信息分析流程 4 3 分析报告 5 结果 5 3.1 标准生物信息分析 5 3.1.1 数据产出统计 5 3.1.2 目标区域单碱基深度分布图 6 3.1.3外显子捕获测序的均一性 7 3.1.4一致序列组装和SNP检测 7 3.1.5 SNP注释 8 3.1.6插入/缺失(indels)检测 9 3.1.7插入/缺失(indels)注释 9 3.2个性化分析 9 3.2.1氨基酸替换预测 9 3.2.2群体SNP检测和等位基因频率估计 12 3.2.3孟德尔遗传病分析 13 3.2.4 NGS-GWAS 分析 14 3.2.5正向选择信号的检测 14 4 数据分析方法说明 15 4.1信息分析软件及常用参数介绍 15 4.2参考数据库 16 4.3数据文件格式 17 PAGE 1 1 项目信息 PROJECT NAME CONTRACT NUMBER SAMPLE INFORMATION Species Information Genome Information Additional Information CUSTOMER INFORMATION PI Contact Person Company Name Contact Methods Name Tel E-mail Name Tel E-mail CONTACT INFORMATION (BGI) Sales Information Name Tel E-mail Name Tel E-mail Customer Service Name Tel E-mail Name Tel E-mail PROJECT DIRECTOR APPROVAL THE RESULTS HAVE BEEN APPROVED AND CAN BE SUBMITTED Signature: Date: 2 工作流程介绍 采用Aglient SureSelect外显子靶向序列富集系统和NimbleGen SeqCap EZ人全外显子捕获系统。这两个系统都采用液相系统进行高特异性和高覆盖率的外显子区域捕获。 2.1 Agilent液相捕获平台 图2.1 Aglient外显子捕获和测序流程 基本流程：首先将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与SureSelect Biotinylated RNA Library (BAITS)进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illumina basecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。 2.2 NimbleGen 液相捕获平台 图2.2 NimbleGen外显子捕获和测序流程 基本流程：首先将基因组DNA随机打断成200-300bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与Biotinylated DNA Library进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illumina basecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。 2.3 生物信息分析流程 测序完成之后，下机数据为fastq文件格式，随后对数据进行信息分析，分析流程如下： Reference genome Reference genome Reads passing quality filter Mapping with SOAP2 Alignment Exome region Flanking region Analysis Summary of