大西洋鲭鱼微生物菌群的特征.docxVIP

大西洋鳍鱼微生物菌群的特征 摘要 在这项研究中,对商业围网手机的大西洋鳍鱼（鲂scombrus ）微生物进行了检 查。样品直接在运输罐装车后,从冷冻海水的鱼围网中采集。培养的微生物和特定腐 败菌（SSB ）用对铁琼脂灵比（IAL ）进行量化，纯培养时使用市售生化API?套件 进行菌株鉴定。这些套件在鉴定菌株特征方面是次优的,因为只对一半的菌株进行了 鉴定。用核酸为基础PCR?DGGE方法也进行了同样的分离，但有API结果相同的有 一半。通过PCR - DGGE进行特性鉴定的都是IAL板（散装细胞样品）上的细DNA , 还有就是从养鱼材料上的没有经过培养的细菌DNA。大西洋鳍鱼的微生物主属为革兰 氏阴性嗜冷菌，变形杆菌，发光菌。弧菌，希瓦氏菌，聚球藻，藻和黄杆菌。革兰氏 阳性菌属，芽抱杆菌，分枝杆菌。金黄色葡萄球菌属，支原体属。梭状芽胞杆菌属也 被发现了。考试采用PCR- DGGE技术对散装IAL培养后的细胞进行测序z与从鱼原料 上直接取下的不经预先培养的细菌相比，他提取了更多的类群。在硏究海洋微生物鱼 时，显示岀了培养依赖和培养独立相结合的优势。虽然围网采集时仅在肠道中发现了 几个弧菌，但在RSW罐中包括皮肤和腮的所有样品中都有该 几个弧菌，但在RSW罐中包括皮肤和腮的所有样品中都有该 ,说明在这些运输下, 通过粪便排泄产生了微生物污染。 1O介绍 由于鱼类资源的可持续收获有一个上限，食品生产的增长应依靠基于更好的知识型 的生产链维护来保证鱼类质量。全球捕获后鱼的损失量估计至少要占捕捞鱼和养殖鱼 的10%,其中微生物是导致与质量下降的重要因素。 研究微生物栖息环境时，培养依赖方法显示出了局限性，因为相当大比例的生物 都无法在提供的介质上生长。（Vartoukian等，2010 ; Broekaert等,2011年）。 动力学和生态学研究方法。众多微生PCR - DGGE是的独立培养法，是世界公认的细 动力学和生态学研究方法。众多微生 物的栖息地已经硏究过了，例如土（ Edenborn Sexstone z 2007年），湖（Ovreas 等，1997;吴等，2009 ）,海水和油气藏（卡斯特等人，2009 ）。几种食物也被研究 过了，如蓝纹奶酪（弗洛雷斯和梅奥，2006年）和发酵香肠（Cocolin等z 2001 ）伴 随保存过程发生变化，以及的鱼（霍夫达等人，2007年b , c ）和肉类（日俄等， 2006 ）主要是腐败生物。 之前的硏究中，利用包括培养和DNA分析在内的细菌联合培养法对来自世界各地 不同的物种进行了研究，但这些研究都没有涉及到大西洋鳍鱼卡希尔（1990 ）和奥斯 汀（2006 ）通过从诸多硏究中收集结果，均出版了鱼类微生物学综述。这些硏究大多 是淡水或海水中的野生或养殖的鱼类，如罗非鱼，鮭鱼和比目鱼。 根据这些作者所说，海鱼中的微生物群主要是以革兰氏阴性杆菌为主，如发光菌，弧 ,肉杆菌；还包括一些革兰氏阳性菌，如乳酸杆菌，芽抱杆 菌和葡萄球菌。几位作者对鱼类加工产品以及保存方法对一般微生物群落（鲁迪等 人,2004灌夫达等，2007A z Bzc）或特定腐败菌（SSB ）的影响，其中腐败菌 包括腐败希瓦氏菌及（发光菌，革兰氏和胡斯，1996克和达尔加德，2002; Broekaert的等，2011 ） e Wilson等人（2008 ）对渔船上收集的野生大西洋鱈鱼表 皮黏膜菌群进行了研究,并描述了细菌Y ■变形和噬纤维菌和杆菌物种为主的菌团。虽 然一些出版物，如上面提到的都硏究了鱼的微生物菌群，但是很少有刊载涉及到大西 洋深海鱼。 这项硏究的目的是在发现细菌16S rRNA基因与鱼的联系的基础上，利用独立培养 与联合培养相结合的分子生物学方法，来描述大西洋鳍鱼（鲂scombrus ）菌群。为 了检测鱼在捕捉和渔船上的储存条件对微生物群的可能影响，分别从撤回的渔网和水 槽中采集腮、皮肤和肠道内容物等样品。为了增加调查结果的针对性，所有样品均在 商业捕捞时采集。 2 .材料与方法 2.1样品采集 大西洋鳍鱼（S. scombrus ）是在2009年10月，挪威海（61 ° 15*N/02o 03* ） 的正宗商业条件下从围网中采集的。鳍鱼被拿出围网后便被转移到渔船上的槽中，槽 中有高速抽水装置供应的温度为.5 °C的冷冻海水。四大家鱼直接从围网中收集，然 后再放入泵水的水槽中,然后在捕获12小时后再从水槽中拿出。所有鱼都要用带绳子 的无菌斗捕捉，而且进一步的处理也要在无菌环境下进行。从每条鱼中收集1.0 g包括 鲤，皮肤和肠道内容物的样品两套。用无菌剪刀将腮丝从腮弓上剪下来，再用无菌手 术刀和镶子取下10平方厘米的皮肤。用无菌镉子，将肠道内的物质从前场开始挤至后 肠外，以收集肠道内容物。 2.2传统培养和表