稀有变异遗传关联性研究中常用负担检验方法比较.pdf

Hereditas (Beijing) 2018 年 2 月, 40(2): 162 ―169 技术与方法 稀有变异遗传关联性研究中常用负担检验方法比较 1,2 1 1 1 1 1 1 林欣琪 ，梁融 ，张俊国 ，皮路程 ，陈思东 ，刘丽 ，郜艳晖 1. 广东药科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系，广州 510310 2. 广东省职业病防治院，广州 510300 摘要 : 为比较稀有变异遗传关联研究中常用负担检验方法(CMC 、WST 、SUM 及其扩展)在不同遗传情境下的 统计性能，本文通过计算机模拟产生不同样本量、连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)参数、混杂非关联变 异的个数和不同效应的关联变异等条件的稀有变异病例对照数据集，运用各种负担检验方法进行分析，分别计 算各方法的一类错误和效能。结果表明，各方法一类错误均在0.05 附近；当稀有变异效应方向一致时，除aSUM 法外，LD 参数越大、混杂非关联变异越少、各法效能越高；当效应方向不一致时，各法效能则显著降低。除 强LD 外，有方向考虑的方法效能均比无方向考虑的方法高，且样本量越大效能越高。负担检验的统计性能受 效应大小和方向、噪音变异和连锁不平衡等多种因素影响。在实际应用中，在各类方法选择、确定集合单位， 权重等时最好结合遗传变异的生物信息先验以提高研究效能。 关键词 : 稀有变异；遗传关联研究；负担检验 Comparison of common burden tests for genetic association studies of rare variants 1,2 1 1 1 1 1 Xinqi Lin , Rong Liang , Junguo Zhang , Lucheng Pi , Sidong Chen , Li Liu , Yanhui Gao1 1. Department of Epidemiology and Biostatistics, School of Public Health, Guangdong Pharmaceutical University, Guangzhou 510310, China 2. Guangdong Province Hospital for Occupational Disease Prevention and Treatment, Guangzhou 510300, China Abstract : Common burden tests have different statistical performance in genetic association studies of rare variants. Here, we compare the statistical performance of burden tests, such as CMC, WST, SUM and extension methods, using the computer-simulated datasets of rare variants with different parameters of sample sizes, linkage disequilibrium (LD), and different numbers of mixed non-associated variants. The simulation results showed that the type I error for all methods is near 0.05. When the rare variants had the same direction of effect, the higher LD and the less non-associated variants, the 收稿日期: 20 17−11