酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析-中国农业科学.pdf

中国农业科学 2005,38(3):516-522 Scientia Agricultura Sinica 酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析 1 1 1 1 2 1 1 1 3 1 杨 静 ，李成云 ，王云月 ，朱有勇 ，李进斌 ，何霞红 ，刘 林 ，业艳芬 ，周晓罡 ，唐 萍 1 2 ( 云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室，昆明 650201 ； 云南省农业科学院植物保护研究所，昆明 650205 ； 3 云南省农业科学院生物技术研究所，昆明 650223) 摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法，采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、 Big-PI predictor和TMHMM v2.0对已公布的6 700个酿酒酵母（Saccaromyces cerevieiae ）基因的N-端氨基酸 序列进行信号肽分析，同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明，在 6 700 个酿酒酵母蛋白中，163 个为 Sec-信号肽分泌蛋白，经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中，有 47 个的信号肽没有典型的 N-区，仅有 H-区和 C-区，其余116个分泌蛋白的信号肽包含完整的3个区，即N-区、H-区和C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌 (Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序，表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和 顺序差异很大，两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少 数氨基酸组成完全一致的信号肽，为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性，分别采用 BLAST 2 SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白 同源性非常高，氨基酸组成也非常保守。由此可以推断，编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因（paralogous）。 酿酒酵母作为一种模式生物，以其诸多的优点，被认为是表达真核外源蛋白的首选宿主。对酿酒酵母进行基因组 水平的分泌蛋白及信号肽结构的分析，可更好地利用该宿主表达分泌型的外源蛋白研究提供参考信息。 关键词：酿酒酵母；分泌蛋白；信号肽；分泌途径 Computational Analysis of Signal Peptide-Dependent Secreted Proteins in Saccaromyces cerevisiae 1 1 1 1 2 1 1 YANG Jing , LI Cheng-yun , WANG Yun-yue , ZHU You-yong , LI Jin-bin , HE Xia-hong , LIU Lin , 1 3 1 YE Yan-fen , ZHOU Xiao-gang , TANG Ping 1 ( The Ministry of Education Key Laboratory for Agricultural Biodiversity and Pest Management,Yunnan Agricultural University, Kunming 650201 ; 2Plant Protect