生物信息学概论第四章基于距离的系统发生分析.ppt

4.4.2 分支长度的估计 ?例： A （A，C) （D，E） C D E 4 4 2.5 2.5 6.25 6.25 这个简单的估计分支长度的方法使得UPGMA成为能构造有根系统发生树的少数几种方法之一。 dDE = 5 dAC = 8 如果假设所有家系的进化速率不变，那么内部节点将置于与分叉树上相对应的两个物种距离相等的地方。 描述4个物种的标度树 4.4.2 分支长度的估计 当不同的家系有不同的进化速率时，确定标度树的分支长度变得略微复杂些 B A C χ у z dAC= χ + у dAB= χ + z dBC= у + z 对上面的等式进行简单的代数变换，分支长度就可以用两两距离矩阵中的数值表示： χ = （dAB + dAC – dBC）/ 2 у = （dAC + dBC – dAB） / 2 z = （ dAB + dBC – dAC ）/ 2 最简单的树 (3个物种，1个分支点) 4.4.2 分支长度的估计 对于更复杂的树（多于一个分支点的树）的分支长度的估计，可以一次考虑3个分支。 ?例：在一组5个物种（1，2，3，4和5）的距离矩阵中，用UPGMA首先将物种1和物种2聚到一组， 前面等式中的dAC和dBC就是这两个物种和其他所有物种之间距离的平均值： dAC=（d13 + d14 + d15 ）/3