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引 物 设 计 引物 引物的重要性 引物种类 简并引物设计步骤与原则 引物与PCR 引物（primers) 引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。 → ← 3’ 3’ 5’ 5’ Sense primer Antisense primer 引物的重要性 在整个PCR体系中, 引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能对引物进行有效的延伸，可见引物设计好坏与PCR结果密切相关。 引物种类 特异性引物 针对某一序列设计的引物，往往是固定的。 简并引物 多用于随机扩增，在引物的某个位置上，可以是A\T\C\G中的任意值，随着简并系数的增加，随机性也增加。 密码子 简并引物设计原则 从蛋白到核酸， 请注意：1) 尽量选择简并度低的氨基酸区域为引物设计区，如蛋氨酸和色氨酸仅有一个密码子。2) 充分注意物种对密码子的偏好性，选择该物种使用频率高的密码子，以降低引物的简并性。3) 引物不要终止于简并碱基，对大多数氨基酸残基来说，意味着引物的3末端 不要位于密码子的第三位。 4) 在简并度低的位置，可用次黄嘌呤(dI)代替简并碱基。　 总的原则为： 尽量降低引物的简并度，尤其在3末端 或 近3末端