武汉大学分子模拟实验第七章分子结构模型创建和优化计算.pdfVIP

武汉大学化学与分子科学学院 《分子模拟实验》实验报告 分子结构模型创建和优化计算 指导老师：侯华 姓名：陆文心 专业：化学弘毅班 学号：2012301040179 日期：2014 年9 月25 日 一、实验目的 无论哪种类型的计算或模拟，第一步的工作就是建模，就是创建所要研究的分子体系的 三维空间模型。这与平常所描绘的2D 平面结构图不同，实际计算需要的是3D 结构，每一 个原子都需要三个空间坐标(x,y,z) 。因此，熟练掌握各种分子模型的创建，是计算化学最基 础的技能。 实际的理论模拟计算，无论最终结果是什么，无论采用什么方法，都需要用户为所研究 的分子体系提供一个合理的“初始猜测”结构，既是计算的需要，也是保证计算成功的前提 之一。当对一个新型分子体系知之甚少时，当缺乏实验数据参考时，怎么样使创建的分子模 型更 “合理”，也是进行本实验的目的。 本实验将介绍Chem3D 提供的各种分子模型创建方法，同时介绍怎样调整、修改、显示 所感兴趣的空间立体分子结构的技巧，直至满足用户的要求为止。 二、实验要求 （1 ） 熟悉Chem3D 软件各项功能的含义； （2 ） 掌握三维分子