鸭嘴兽的基因体定序.pptVIP

鴨嘴獸的基因體定序 台灣大學動物學研究所博士班 邵芷筠 2010.5.20 目前已有上百個物種的基因體被定序完成 人類基因體定序 2000-2003 貓熊基因體定序 2009(Mar to Oct) 鴨嘴獸基因體定序 鴨嘴獸是鳥類、兩棲類，還是爬蟲類？ 鴨嘴獸是鳥類、兩棲類，還是爬蟲類？ 鴨嘴獸（platypus） 鴨嘴獸科 鴨嘴獸屬 鴨嘴獸 針鼴科 針鼴屬 澳洲針鼴 原針鼴屬 長吻針鼴 阿滕伯勒長喙針鼴鼠 大長吻針鼴 鴨嘴獸 學名: Ornithorhynchus anatinus 屬單孔目 分布在 澳洲東部及 塔斯馬尼亞 屬保育類動物 鴨子的嘴、水獺的尾巴 後肢有尖刺，可分泌有毒物質 產卵 分泌乳汁哺乳後代 ?鴨嘴獸的獨特性，使牠成為演化生物學研究的重要對象。 界：動物界 Animalia門：脊索動物門 Chordata綱：哺乳綱 Mammalia亞綱：原獸亞綱 Prototheria目：單孔目 Monotremata科：鴨嘴獸科 Ornithorhynchidae屬：鴨嘴獸屬 Ornithorhynchus種：鴨嘴獸 O. anatinus 鴨嘴獸是卵生哺乳類動物 鴨嘴獸是卵生哺乳類動物 基因（gene）與遺傳 龍生龍，鳳生鳳 孟德爾的豌豆 性狀的遺傳 捲舌 美人尖 拇指彎曲 酒渦 雙眼皮 耳垂分離 卷发 如果爸媽都會捲舌， 小孩就一定會捲舌嗎？ 如果爸媽都不會捲舌，小孩就一定不會捲舌嗎？ 顯隱性 顯隱性 基因控制生物的遺傳性狀 孟德爾遺傳定律 0.顯隱性法則 基因有顯性與隱性之別，當顯性與隱性基因同時存在時，只有顯性基因控制的性狀才會表現出來。 1.分離律 成對的遺傳因子彼此獨立不混合，並在形成配子時彼此分離。 2.自由配合律 不同對基因（非等位基因）之間互不干擾，獨立組合。 基因體（or基因組） 意指一個物種的全部遺傳組成。 超捲繞（supercoiled） 去氧核糖核酸（DNA） 超捲繞 （supercoil） 去氧核糖核酸 Deoxyribonucleic acid （DNA） 雙股螺旋 基因體（Genome） A——腺嘌呤 T——胸腺嘧啶 C——胞嘧啶 G——鳥嘌呤 鴨嘴獸是卵生哺乳類動物 鴨嘴獸是卵生哺乳類動物 DNA定序-history 1977年，由F. Sanger發展出來的DNA合成法（即試管中的複製作用），此定序法是利用在特定位置上終止剛合成的DNA鏈。 Whole-genome shotgun sequencing全基因體隨機定序 鴨嘴獸是卵生哺乳類動物 自然界異獸之王的鴨嘴獸，在基因上是集合鳥類、爬蟲類與哺乳類動物之大成。 在1億6600萬年前左右，開始與其他哺乳類分道揚鑣，但仍與人類、老鼠等遠親擁有82％相同的基因。 鴨嘴獸看起來像是哺乳類、鳥類與爬蟲類的奇怪混合體，其基因體同樣也是這些動物類別的怪異組合。 Thank you. tmyont@ 大量複製 大量複製 AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA Reconstruction ------CTGCAGTCATGCTTAGGCTA Second shotgun sequence AGCATGCTGCAGTCATGCT------- First shotgun sequence AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA Original Sequence Strand 基因體是指一個物種的全部遺傳組成 全基因體隨機定序法 ~20,500 3.3 x 109 Humans 19,300 2.4 x 109 Dogs ~23,300 8.14 x 108 Sea urchin 13,379 1.22 x 108 Drosophila melanogaster a flowering plant (angiosperm) ~28,000 1.15 x 108 Arabidopsis thaliana The first multicellular eukaryote to be sequenced. 19,427 1 x 108 Caenorhabditis elegans 10,082 3.86 x 107 Neurospora crassa 5,770 1.25 x 107 Saccharomyces cerevisiae 5,416 5.44 x 106 E. coli Genes Base pairs Platypus 2.2 x 109 ~18,500 * *