Lactobacillus的系统发育分析及分群！.pdf

维普资讯 Lactobacillus的系统发育分析及分群 马 凯，李春玲 ，程 池 (中国食品发酵工业研究院，中国工业微生物菌种保藏管理中心，北京，100027) 摘 要 对乳杆菌属所有 已有效发表 的种做 了16SrRNA基 因系统发育分析 ，结合各个类群 的标签序列把乳杆 菌属分为 12个主要类群 ，并详细分析 了各个类群 内种 间 16SrRNA基 因序列 同源性 以及 同源性较高种 间的区 别。希望对乳杆菌属各个种 的区分和鉴定提供一些借鉴。 关键词 Lactobacillus，系统发育分析，分群 乳杆菌属 (Lactobacillus)是乳酸菌类群 中最大 选取 2006年 9月细菌名称更新中列出有效发表 的一个属 。其主要特征包括 ：细胞形态为杆状 ，革兰 的种或亚种 ，未包括没有有效发表或存在同物异名的 氏染色阳性 ，无芽孢 ，过氧化氢酶试验 阴性，利用葡萄 种作为序列分析对象 。由Genbank获取乳杆菌属 糖产生乳酸 ，发酵代谢产物为 859，6以上 的乳酸或等 108个种或亚种 (8个亚种)16SrRNA基 因序列，所 克分子比例的乳酸、CO 、已醇或已酸_lI]。乳杆菌属 选大多为模式菌株序列，个别模式菌株序列较短或含 的定义相对 比较简单 ，同时在食品工业和人类健康中 混位点较多时，以有确切菌种保藏编号的菌株序列替 占据重要地位 ，所以乳杆菌资源的研究 比较广泛和深 代 。 入，目前已有 100多个种及亚种报道_l2]。 1．2 序列 比对和标签序列的确定 乳杆菌分类学方法也在不断发展 ，目前乳杆菌分 序列 比对用 ClustalX_l7程序进行，比对结果 以 类并不仅仅局限于一种或几种方法，而是运用传统分 E．coli16SrRNA基 因第 1位点对应位点作为序列 类、化学分类、分子分类、数值分类等方法进行多相分 比对起始位点，以便于序列标签起始位点的确定。 类 。16SrRNA基因序列分析 占据重要地位，但是乳 1．3 系统发育树的构建 杆菌属很多种之间还需要其它分类手段才能得 以区 用 Mega3．1软件嘲构建 系统 发育树 ，采用 分[3]。乳杆菌属很多种属于常用工业微生物或常 Neighbor_Joining法和 P距离公式进行系统发育分 见污染微生物 ，所以有效的鉴定区分不同的菌株十分 析 ，并进行 1000次 Bootstraps统计学检验 。 重要 。 文中对 2006年 9月细菌名称更新_2中乳杆菌属 2 结果和分析 共 108个有效发表 的种或亚种进行 16SrRNA基因 2．1 Lactobacillus16SrRNA基因的系统发育分析 系统发育分析，结合各个类群的标签序列把乳杆菌属 以Bifidobacteriumbifidum为外群，构建 了乳 分为 12个主要类群 ，并详细分析了各个类群内种间 杆菌属 108个种或亚种 (包括 L．plantarum 2个亚 16SrRNA基 因序列同源性 以及 同源性较高 的部分 种，L．delbrueckii4个亚种、L．paracasei2个亚种) 种 间的区别 。希望对乳杆菌属各个种的区分和