对核酸序列进行预测分析.ppt

选择相同的序列和输入的查询序列进行多序列对比 对照实际的蛋白序列 有时候需要查询第二个阅读框架 DNA翻译在进行DNA序列的研究中，把DNA或RNA按可能的6阅读框（+1、+2、+3、-1、-2、-3）翻译成可能的蛋白质序列，再对得到的侯选蛋白进行分析，对DNA序列上的基因辩识很有帮助。具体步骤：1、遮蔽重复序列2、DNA翻译3、序列比较常用工具ExPASy 提供了很多预测工具/tools/#translate 我们进行DNA翻译目的 1. 翻译的蛋白是谁？ 2.翻译的蛋白序列是否有改变 翻译的蛋白是谁？点击阅读框架 出现该阅读框架的序列，点击“M”或者“stop”后氨基酸出现swiss-prot上面已有的相关信息 点击可以进入swiss-prot数据库 进入swiss-prot数据库 CpG岛的分析预测 CpG岛（CpG islands）是指DNA上一个区域，此区域含有大量相联的胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G），以及使两者相连的磷酸酯键（p）。哺乳类基因中的启动子上，含有约40%的CpG岛（人类约70%）。一般CpG岛的长度约300到3000个碱基对（bp）。 常用的正式定义是指一个至少含有200bp的区域，其中GC所占比例超过50%，且CpG的观察值／预测值比例必须高于0.6。此部份的CpG岛与基因相连，可用来作为限制酶的辨识位置 分析CpG岛的意义