测序水稻品种SSR遗传连锁图谱的构建及其农艺性状基因座分析.docVIP

中国生物工程杂志　China B i otechnol ogy,2007,27(1:28~34 测序水稻品种SSR 遗传连锁图谱的构建 及其农艺性状基因座分析 3 梁永书 1,2,3 　张启军 1,2 　王世全 1,2 　邓启明 1,2 　李　平 1,233 　李艳萍3　阎双勇 3 (1四川农业大学水稻研究所　温江611130　2西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室雅安625014 (3天津农业科学院作物研究所　天津300112 摘要　利用测序水稻品种“N i pponbare (粳/广陆矮4号(籼”杂交F2群体90个单株为作图群体,构建含148个SSR 标记的水稻遗传连锁图谱,覆盖基因组全长1737.81c M ,标记间平均距11.90c M 。利用该图谱及Excel2000和Mapmaker/QT L1.1b 软件对分蘖数、穗数、穗长、主穗长、株高、剑叶长等6个农艺性状间的相互关系和基因位点进行分析,结果在LOD 2.2和P 0.005的条件下共检测到28个QT L s,它们分布在水稻所有染色体上,单个QT L 对性状的分子贡献率11.1%~42.9%,其中大于20%有10个,并对选用已测序材料为亲本构建图谱来探讨水稻农艺性状的分子基 础及其育种意义进行了讨论。 关键词　水稻　SSR 标记　遗传图谱　农艺性状　数量性状基因座　定位 中图分类号　Q943 收稿日期:2006211228　　修回日期:2006212219 3国家“863”计划资助项目(2003AA212030,教育部“长江学者和创新团队发展计划”资助项目(I RT045333通讯作者,电子信箱:li p ing@cngk .com 　　水稻是重要的粮食作物之一,现已成为单子叶模式植物。其遗传学和分子生物学研究一直受到高度重视,许多重要农艺性状都表现为数量性状基因座位 (QT L s 控制,传统的数量遗传学研究的方法难以解析 单个QT L 的遗传规律。随着分子标记技术的发展[1,2] , 水稻基因组计划的实施[3,4] ,水稻分子遗传图谱的构建 [5,6] 和统计模型的发展 [7,8] ,为解决诸如产量、品质、 抗逆性等重要数量性状基因座分析奠定了坚实基础,因此构建高密度遗传图谱是进行基因组研究和QT L 定位分析的重要环节。　　1988年McCouch 等 [9] 利用籼粳交组合“I R34583/Buludalam ”F2群体和I R36的初级三体确定连锁群,构 建了第一张水稻RFLP 分子遗传图谱,之后,Causse 等 [10] 和Kurata 等 [11] 分别构建了包含1300多个和600 多个标记的遗传图谱,Temnykh 等[12] 构建了首张500 多个微卫星标记的遗传图谱,目前美国Cornell 大学构建的水稻微卫星遗传图谱标记已经达2740多个,这些 图谱的构建为水稻基因定位和克隆乃至农艺性状遗传改良打下良好的基础。 　　简单序列重复(si m p le sequence repeats,SSR 标记以其高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性、操作简单快捷、经济有效,可直接用于分子标记辅助育种等方面的优点,现已成为分子生物学、遗传学、育种学等研究领域得到广泛应用。而选用测序品种作为构图群体亲本,一方面可以为水稻亚种间比较图谱分析奠定基础;另一方面为诠释水稻整个基因组的遗传信息提供载体 [13] 。 　　为此,本研究选用测序品种日本晴和广陆矮4号为亲本构建SSR 遗传连锁图谱,采用复合区间作图法对水稻6类农艺性状进行QT L 分析;并计算单个QT L s 的加性、显性效应及其对表型的贡献率。对选用测序材料作为亲本构建图谱,探讨水稻重要农艺性状的分子基础及其育种意义。 1　材料与方法 1.1　材　料 　　本研究实验材料为中国水稻所提供日本晴和广陆矮4号,已完成全基因组和部分基因组测序,2005年7 2007,27(1梁永书等:测序水稻品种SSR遗传连锁图谱的构建及其农艺性状基因座分析 月在四川温江四川农业大学水稻所实验农场配制杂交组合“日本晴/广陆矮4号”自交得F2群体,随机选取90个单株用于构建遗传图谱。 1.2　农艺性状考察 　　2005年4月将双亲本及F2群体各单株在四川温江四川农业大学水稻所实验农场种植,选择最佳的时期对双亲及F 2 群体单株各农艺性状进行性状调查(按申宗坦的方法[14],它们分别是分蘖数(number of tillers, Tn、穗数(number of panicles,Pn、有效分蘖数(number of effective tillers,Etn、主穗长(Main panicle length,Mp l、株高(p lant height,Ph、剑叶长(Flag leaf length,Fl等6个