SBP￣box应答激素调控葡萄果实成熟的作用-Nanjing.pdfVIP

－ 　 南京农业大学学报　 ２０１８ꎬ４１(３):４２９ ４３９ ｈｔｔｐ:/ / ｎａｕｘｂ.ｎｊａｕ.ｅｄｕ.ｃｎ 　 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＮａｎｊｉｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ＤＯＩ:１０.７６８５/ ｊｎａｕ.２０１７０６０４５ 崔梦杰ꎬ王晨ꎬ冷翔鹏ꎬ等. 葡萄ＳＢＰ￣ｂｏｘ转录因子家族的生物信息学分析及其应答激素调控葡萄果实成熟的作用[Ｊ]. 南京农业大学学报ꎬ － ２０１８ꎬ４１(３):４２９ ４３９. 葡萄ＳＢＰ￣ｂｏｘ转录因子家族的生物信息学分析及其 应答激素调控葡萄果实成熟的作用 １ １∗ １ ２ １ １ １ １ ３ １ 崔梦杰 ꎬ王晨 ꎬ冷翔鹏 ꎬ吴伟民 ꎬ汤崴 ꎬ张文颖 ꎬ朱旭东 ꎬ贾海锋 ꎬ沈文飚 ꎬ房经贵 (１.南京农业大学园艺学院ꎬ江苏 南京 ２１００９５ꎻ２.江苏省农业科学院ꎬ江苏 南京 ２１００１４ꎻ ３.南京农业大学生命科学学院ꎬ江苏 南京 ２１００９５) 摘要:[目的]本文旨在分析已知葡萄(Ｖｉｔｉｓ ｖｉｎｉｆｅｒａ Ｌ.)ＳＢＰ￣ｂｏｘ家族基因基本信息ꎬ研究其在葡萄果实发育成熟过程中的调 ＝ 控作用ꎮ [方法]利用葡萄转录因子ＰｌａｎｔＴＦ数据库(ｈｔｔｐ:/ / ｐｌａｎｔｔｆｄｂ.ｃｂｉ.ｐｋｕ.ｅｄｕ.ｃｎ/ ｉｎｄｅｘ.ｐｈｐ?ｓｐ Ｖｖｉ)查询并获得ＳＢＰ￣ｂｏｘ 基因ꎬ采用ＣｌｕｓｔａｌＸ ２、ＤＮＡＭＡＮ６、Ｗｅｂ Ｌｏｇｏ ３、ＭＥＧＡ４.１和Ｇｅｎｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｓｅｒｖｅｒ等软件对其基因与蛋白序列进行 生物信息学分析ꎮ 利用Ｐｌａｎｔｃａｒｅ软件分析葡萄转录因子ＳＢＰ￣ｂｏｘ家族成员的启动子元件ꎬ预测其与果实发育及成熟过程 相关的潜在作用ꎮ 采用ＲＴ￣ｑＰＣＲ技术研究 ＶｖＳＢＰ基因在果实发育成熟过程中的作用ꎮ [结果]从转录因子数据库中共得 到１９个葡萄ＳＢＰ￣ｂｏｘ基因ꎮ ＳＢＰ￣ｂｏｘ结构域分析显示ꎬ多达６１个位点氨基酸具有较高的保守性ꎮ 进化树分析结果显示ꎬ葡 萄ＳＢＰ￣ｂｏｘ基因共分为３个亚组ꎮ 染色体定位分析显示ꎬＶｖＳＢＰ基因在 １号染色体上分布最多(４个)ꎬ其次是染色体５、１５、 ４、７、８、１０、１１、１２、１４、１７、１８和１９ꎬ染色体２、３、６、９、１３和１６则没有分布ꎮ 启动子作用元件分析表明ꎬＳＢＰ￣ｂｏｘ家族所有成员 的启动子均含有与果实发育和成熟相关的作用元件ꎮ 结合ＲＴ￣ｑＰＣＲ结果ꎬ发现约９个成员可能促进了葡萄果实的成熟过 程ꎬ且大部分成员属于第 １亚组和第３亚组ꎻ约７个成员可能促进了葡萄果实的生长发育ꎬ但抑制了果实的转色与成熟过 程ꎬ且大部分成员属于第２亚组ꎮ [结论]葡萄ＳＢＰ￣ｂｏｘ基因结构高度保守ꎬ多数成员参与调控果实发育与成熟过程ꎮ 关键词:葡萄ꎻＳＢＰ￣ｂｏｘꎻ转录因子ꎻ生物信息学分析ꎻ表达分析 － － － 中图分类号:Ｓ６６３.１　 　 　 　 文献标志码:Ａ　 　 　 　 文章编号:１０００ ２０３０(２０１８)０３ ０４２９ １１ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ＳＢＰ￣ｂｏｘ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ