《合成生物学简约课件》.pptVIP

● 维基百科全书：合成生物学旨在设计和构建工程化的生物系统，使其能够处理信息、操作化合物、制造材料、生产能源、提供食物、保持和增强人类的健康和改善我们的环境。/Synthetic_biology ● 简单地说，合成生物学是通过设计和构建自然界中不存在的人工生物系统来解决能源、材料、健康和环保等问题。 ;基因、基因组和基因组学:;合成生物学发生与发展的学科基础;合成生物学的研究内容;合成生物学的意义;合成生物学区别于现有生物学其他学科的主要特点是“工程化” 2004 年Scientific American 杂志发表了题为 “合成生命”一文, 以图文并茂的形式阐述了合成生物学的内涵及工程性质 2005 年MIT 的Endy发表了“ 工程生物学的基础” 的综述论文, 明确提出工程中常用的“标准化”、“复杂系统解耦”、“概念抽象化”做法, 并清楚地将合成生物学涉及的生物系统分成DNA、零件、装置、系统这样4 个层次 2006 年Scientific American 以“ THE BIO FAB GROUP”(生物制造研究组, 包括合成生物学领域的9 位领军人物)为作者, 发表了“工程生命: 组建生物制造”的长篇分析评论性文章, 在正文开始之前用大字突出强调: 从有关工程领域的成功经验中所学到的原理及实践可帮助将生物技术从专门的工艺转化为一个成熟的工业。;美国普林斯顿大学电子工程系与分子生物学系的Weiss等发表了题为“合成生物学: 对于一个刚出现学科的新的工程作用”的综述。概括了合成生物学新学科的基本性能以及与其它工程学科相比的独特性; 讨论了从生物装置、模块、细胞到多细胞系统各个层次进行设计和建造工程细胞的方法 Panke 等发表了“合成生物学- 将工程置入生物学”的述评, 归纳出合成生物学的研究框架, 特别突出了系统设计与系统加工制造的重要性。对于作为合成生物学支撑技术的加工制造, 包括标准化克隆、从头DNA 合成、提供工程底盘机架( chassis) 等，进行了详细讨论。为了减少生物系统的复杂性,一个选择是减小宿主( 这里比作chassis) 的基因组———即构建出“最小基因组”, 以便用于合成生物学研究 ;;从化学工程和电子工程得到的借鉴;;在建造计算机时, 重要的是将全部模块装置( 例如: 母板、盘驱动器、输入输出部件等) 集成到底盘机架内。 对于合成生物学来说, 创建一个细胞底盘机架( cellular chassis) 用来安装我们设计的生物零部件是非常重要的。在细胞底盘机架中可以集成来自各个子系统的信号以使其有复杂的细胞功能。细胞底盘机架必须为细胞生长及组件工作提供各种组分, 应该有各种标准的连接, 而且足够稳定以便能在工业上应用。大肠杆菌可以认为是一个性能优良的微生物, 可用作一个细胞底盘机架。;工程化研究策略;关键的工程化概念;1.6 合成生物学与相关生物学科;基因工程;与分子生物学和细胞生物学的关系;合成生物学研究举例;（1）青蒿素的生物合成 美国UCB化学工程系教授、劳伦斯国家实验室合成生物学中心主任Keasling本科曾获得化学与生物学双学位，后来又获得化学工程博士学位。所以在他从事代谢工程及合成生物学的研究中能很好地将化学、生物学、化学工程学相结合。在他从事抗疟疾药的生物合成研究中，始终把细胞当作微生物制药工厂（Microbial drug factories），进行设计、加工、集成、组装、控制。体现在合成生物学技术上包括DNA的合成、来自细菌、酵母及植物（青蒿Artemisia annua）等多种基因及代谢途径的组装、多基因的精密调控等。他们关于抗疟疾药物生物合成的研究成果先后发表在2003年Nature Biotechnology和2006年的Nature上。 ;基因线路的应用举例;大肠杆菌照相术;大肠杆菌计算机;生物学家的解决方案;大肠杆菌砷探测器;1.4 生物系统的层次化结构;1.4.1 Part;常见的元件Part如下：;;终止子 是指结束基因转录的DNA信号序列。在一个基因的3’端或是一个操纵子的3’端往往有特定的核苷酸序列，具有终止转录的功能，这一序列称之为转录终止子，简称终止子(terminator，T)。 所有原核生物的终止子在终止点之前都有一个回文结构，它转录出来的RNA可以形成一个茎环式的发夹结构。 终止子按其作用是否需蛋白因子的协助至少可以分为两类： 一类是不依赖ρ因子的终止子，这类终止子在序列上有一些共同的特点，即有一段富含GC的反向重复序列(inverted repeat sequence)，其后跟随一段富含AT的序列，因而转录生成的mRNA序列中能形成 发夹式结构，后继一连串寡聚U序列。正是RNA聚合酶转录生成的这段mRNA的结构阻止RNA聚合酶继续沿DNA移